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いくつかの研究では、中国の雲南省のいくつかの異なる地域でHIV-1組換えを特定しました。しかし、これまで州全体で包括的な研究は実現していませんでした。ユナンで循環するユニークな組換え型（URF）の疫学と組換え型を説明するために、雲南省の15県に居住する788 HIV-1の陽性の個人が研究にランダムに登録されました。フルレングスのギャグと柱遺伝子が増幅され、配列決定されました。最尤ツリーが系統解析のために構築されました。組換えブレークポイントとゲノム回路図は、オンラインソフトウェアJPHMMで特定されました。63（10.2％）サブタイプのある617株から63（10.2％）ユニークな組換え株が同定されました。URFは、県の間で有意に異なって分布していました（Pearson chi-square Test、p <0.05）。IDUには、性感染症の人口よりも多くのURFが含まれていました（Pearson Chi-Square Test、p <0.05）。B '/CおよびB'/C/CRF01-AE組換え剤であるフル長GAG-POL遺伝子のCRF01_AEセグメントの存在を考慮することにより、2つの主要な組換え型が特定されました。3つのシーケンスを含む3つのクラスターがMLツリーで識別され、高いブートストラップ値でサポートされました。1つのCRFが特定されました。URFの多くには、同一のブレークポイントが含まれていました。結果は、HIV組換えに関する私たちの理解に貢献し、中国の潜在的なCRFの特定の手がかりを提供します。
いくつかの研究では、中国の雲南省のいくつかの異なる地域でHIV-1組換えを特定しました。しかし、これまで州全体で包括的な研究は実現していませんでした。ユナンで循環するユニークな組換え型（URF）の疫学と組換え型を説明するために、雲南省の15県に居住する788 HIV-1の陽性の個人が研究にランダムに登録されました。フルレングスのギャグと柱遺伝子が増幅され、配列決定されました。最尤ツリーが系統解析のために構築されました。組換えブレークポイントとゲノム回路図は、オンラインソフトウェアJPHMMで特定されました。63（10.2％）サブタイプのある617株から63（10.2％）ユニークな組換え株が同定されました。URFは、県の間で有意に異なって分布していました（Pearson chi-square Test、p <0.05）。IDUには、性感染症の人口よりも多くのURFが含まれていました（Pearson Chi-Square Test、p <0.05）。B '/CおよびB'/C/CRF01-AE組換え剤であるフル長GAG-POL遺伝子のCRF01_AEセグメントの存在を考慮することにより、2つの主要な組換え型が特定されました。3つのシーケンスを含む3つのクラスターがMLツリーで識別され、高いブートストラップ値でサポートされました。1つのCRFが特定されました。URFの多くには、同一のブレークポイントが含まれていました。結果は、HIV組換えに関する私たちの理解に貢献し、中国の潜在的なCRFの特定の手がかりを提供します。
Several studies identified HIV-1 recombination in some distinct areas in Yunnan, China. However, no comprehensive studies had been fulfilled in the whole province up to now. To illustrate the epidemiology and recombination form of Unique Recombinant Forms (URFs) circulating in Yunnan, 788 HIV-1 positive individuals residing in 15 prefectures of Yunnan were randomly enrolled into the study. Full-length gag and pol genes were amplified and sequenced. Maximum likelihood tree was constructed for phylogenetic analysis. Recombinant breakpoints and genomic schematics were identified with online software jpHMM. 63 (10.2%) unique recombinant strains were identified from 617 strains with subtypes. The URFs distributed significantly differently among prefectures (Pearson chi-square test, P<0.05). IDUs contained more URFs than sexual transmitted population (Pearson chi-square test, P<0.05). Two main recombinant forms were identified by considering the presence of CRF01_AE segments in full length gag-pol genes, which were B'/C and B'/C/CRF01-AE recombinants. Three clusters were identified in the ML tree which contained more than three sequences and supported by high bootstrap values. One CRF was identified. Many of URFs contained identical breakpoints. The results will contribute to our understanding on HIV recombination and provide clues to the identification of potential CRFs in China.
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