電気泳動移動度シフトアッセイを使用して平衡解離定数を測定する：GAL4-P53モデルシステムとしての結合DNA

電気泳動移動シフトアッセイ（EMSA）を使用してタンパク質/DNA相互作用の平衡解離定数（k（d））を測定するための実用的および理論的な考慮事項を生徒に教える学部生化学実験室実験が説明されています。EMSAは、ネイティブゲルを介したDNAの移動を監視します。DNAは、タンパク質に結合するとゆっくりと移動します。K（d）を決定するために、ゲル内の非結合およびタンパク質結合DNAの量は、タンパク質濃度が増加するにつれて測定されます。この実験を実行することにより、学生は親和性測定を行うことを紹介され、定量的EMSAの実行における経験を積むことができます。この実験では、キメラタンパク質GAL4-P53とそのDNA認識部位との相互作用のK（D）の測定について説明しています。ただし、この技術は他のDNA結合タンパク質に適応できます。さらに、説明した基本的な実験は簡単に拡張して、追加の問い合わせ駆動型の実験を含めることができます。©2012 By The International Union of Biochemistry and Molecular Biology。

An undergraduate biochemistry laboratory experiment is described that will teach students the practical and theoretical considerations for measuring the equilibrium dissociation constant (K(D) ) for a protein/DNA interaction using electrophoretic mobility shift assays (EMSAs). An EMSA monitors the migration of DNA through a native gel; the DNA migrates more slowly when bound to a protein. To determine a K(D) the amount of unbound and protein-bound DNA in the gel is measured as the protein concentration increases. By performing this experiment, students will be introduced to making affinity measurements and gain experience in performing quantitative EMSAs. The experiment describes measuring the K(D) for the interaction between the chimeric protein GAL4-p53 and its DNA recognition site; however, the techniques are adaptable to other DNA binding proteins. In addition, the basic experiment described can be easily expanded to include additional inquiry-driven experimentation. © 2012 by The International Union of Biochemistry and Molecular Biology.