SYBRグリーンベースのQRT-PCRによるHSCT後のキメラ主義を定量化するための16のSNPアレル固有の評価

植生後の幹細胞移植（HSCT）のキメリズムを監視することの重要性は、多くの出版物で定義されています。単一ヌクレオチド多型（SNP）は、異なる集団間で大きく異なる分子マーカーです。非常に賢明な手法に関連するSNPアッセイは、HSCT後のキメラ主義が測定されると非常に敏感である（0.001％）ようです。ただし、よく知られているSNP頻度は、主に人口に多様性が高い国では、特定の集団に限定されているため、世界中の使用を制限しています。対立遺伝子特異的SNP（MLH-1、PECAM-1、ICAM-1、SUR-1、HA-1、RS715405、RS713503、RS2296600）の8組の8組のSYBRグリーンベースの定量的リアルタイムPCRによる増幅は、88人の患者/ドナーペア、アロゲン系のhs式または非骨ablable骨の少ない患者/寄付者ペアで88人の患者/寄付者ペアで行われました。サンプルの少なくとも42％（n = 37）で1つの有益な対立遺伝子が検出されました。20％（n = 18）には、少なくとも2つの有益な対立遺伝子がありました。10％（n = 9）には、少なくとも3つの有益な対立遺伝子がありました。9％（n = 8）には3つ以上の有益な対立遺伝子があり、18％（n = 16）は有益な対立遺伝子をまったく示しませんでした。全体として、ブラジルの人口におけるこれらのSNPの有益な対立遺伝子の頻度は非常に低かった。その結果、達成された情報の量は予想されるものの9％に達し、3つ以上の有益な対立遺伝子を持つドナー/レシピエントサンプルの8組のみを区別できるため、私たちの日常のキメリズムの定量化には役に立たなくなりました。

The importance of monitoring post haematopoietic stem cell transplantation (hSCT) chimerism has been defined in numerous publications. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are molecular markers that vary significantly among different populations. Allied to a very sensible technique, SNP assays seem to be very sensitive (0.001%) when post hSCT chimerism is measured. However, well known SNP frequencies are limited to certain populations, mainly in countries where there is a high level of diversity in its population, therefore restricting their use worldwide. Amplification by SYBR green based quantitative real time PCR of eight pairs of allele-specific SNPs (MLH-1, PECAM-1, ICAM-1, SUR-1, HA-1, rs715405, rs713503, rs2296600) was conducted in 88 patient/donor pairs, who underwent allogeneic myeloablative or non-myeloablative hSCT. One informative allele was detected in at least 42% (n=37) of the samples; 20% (n=18) had at least two informative alleles; 10% (n=9) had at least three informative alleles; 9% (n=8) had more than three informative alleles and 18% (n=16) showed no informative allele at all. Overall, the frequency of informative alleles for these SNPs in the Brazilian population was very low. Consequently, the amount of information attained reached 9% of those expected, being able to discriminate only eight pairs of donor/recipient samples with more than three informative alleles, making them useless for the quantification of chimerism in our routine.