プライマリマイクロRNA構造のアンサンブル分析は、Drosha切断部位の近くで変形する広範な能力を明らかにしています

ほとんどの非コードRNAは、複雑な3次元（3D）構造に折り畳まれた場合にのみ適切に機能しますが、これらの構造の実験的決定は依然として困難です。一次マイクロRNA（miRNA）成熟の理解は、現在、RNAの非加工型の決定された構造の欠如によって制限されています。形状化学は、単一ヌクレオチド分解能を持つRNA二次構造情報を効率的に決定し、3D構造モデルの改良のためにMC-pipelineへの入力に適した制約を提供します。ここでは、これらのアプローチを組み合わせて、3つの構造的に多様な一次マイクロRNAを分析し、3つすべてのDroshaカットサイトに隣接する幹の標準的な二本鎖RNA構造からの逸脱を明らかにします。これらの変形可能な部位の効率的な処理の必要性は、Drosha処理アッセイを通じて実証されています。本明細書で生成された構造モデルは、変形可能な配列が非標準構造要素によって作成されたA-formヘリックスのターンごとにほぼ1回間隔を置くという仮説をサポートし、必要な一本鎖RNA-ダブル鎖RNAジャンクションと組み合わせて、正しいDrosha切断部位を定義します。

Most noncoding RNAs function properly only when folded into complex three-dimensional (3D) structures, but the experimental determination of these structures remains challenging. Understanding of primary microRNA (miRNA) maturation is currently limited by a lack of determined structures for nonprocessed forms of the RNA. SHAPE chemistry efficiently determines RNA secondary structural information with single-nucleotide resolution, providing constraints suitable for input into MC-Pipeline for refinement of 3D structure models. Here we combine these approaches to analyze three structurally diverse primary microRNAs, revealing deviations from canonical double-stranded RNA structure in the stem adjacent to the Drosha cut site for all three. The necessity of these deformable sites for efficient processing is demonstrated through Drosha processing assays. The structure models generated herein support the hypothesis that deformable sequences spaced roughly once per turn of A-form helix, created by noncanonical structure elements, combine with the necessary single-stranded RNA-double-stranded RNA junction to define the correct Drosha cleavage site.