老化におけるゆがんだX不活性化パターン健康および骨髄異形成骨a類の脱毛症パターン蒸気ベースの転写クローン性アッセイによって決定される

背景：差次的CPGメチル化の測定によるX染色体不活性化パターン（XCIP）の調査は、雌の細胞クローン性の調査のために広く適用されています。このアプローチを使用して、さまざまな腫瘍のクローン起源が裏付けられています。議論の余地があるのは、血液学的に健康な女性の被験者における末梢血（PB）細胞クローン性の年齢に関連した強い増加が報告された。最近、転写XCIP比分析はこれらの結果に挑戦し、メチル化ベースのクローン性アッセイの適合性に疑問を呈しました。 方法：CD34、低密度の単核骨髄（BM）、および骨髄異形成症候群（MDS）の患者のPB細胞と同様に、CD34、低密度単核骨髄（BM）のXCIP皮を再投資するために、単一のヌクレオチド化のために蒸発技術を使用した転写アッセイを使用した転写アッセイを確立しました。多型対立遺伝子頻度、XCIP比の代表。 結果：我々のアッセイは、標準曲線、再現性、マーカー間相関、およびDNAメチル化に基づくヒトアンドロゲン受容体（Humara）アッセイとの相関によって決定されるXCIP比評価に対して高い感度を提供します。特に、この問題を調査するほとんどの研究と一致して、健康な高齢女性被験者からのPB細胞におけるXCIP歪みの有意な年齢関連の増加が確認されました。さらに、XCIP比分析は、BMおよびCD34細胞のさらに強いクローン症状を示唆しています。MDSでは、XCIP歪みレベルは、類似の年齢のコントロールと比較して明確に上昇し、より高い程度は臨床転帰不良と関連していました。 結論：パイロシーケンシングを介した転写クローンプロファイリングは、XCIP比の正確な評価を可能にし、DNAメチル化に基づくHumaraアッセイの妥当性を確認し、老化した健康および骨髄異形成の造血に関する重要な洞察を明らかにします。

BACKGROUND: Investigation of X-chromosome inactivation patterns (XCIP) by determination of differential CpG-methylation has been widely applied for investigation of female cell clonality. Using this approach the clonal origin of various tumours has been corroborated. Controversially, strong age-related increase of peripheral blood (PB) cell clonality in haematologically healthy female subjects was reported. Recently, transcriptional XCIP ratio analysis challenged these results and questioned the suitability of methylation based clonality assays. METHODS: To reinvestigate XCIP-skewing in CD34, low-density mononuclear bone marrow (BM) as well as PB cells from healthy female subjects and patients with myelodysplastic syndromes (MDS), we established a transcriptional assay using pyrosequencing technique for quantification of single nucleotide polymorphism allele frequencies, representative for XCIP ratios. RESULTS: Our assay provides high sensitivity for XCIP ratio assessment as determined by standard curves, reproducibility, inter-marker correlation as well as correlation with the DNA-methylation based human androgen receptor (HUMARA) assay. Notably, in agreement with most studies investigating this issue, significant age-related increase of XCIP skewing in PB cells from healthy elderly female subjects was confirmed. Moreover, XCIP ratio analysis suggests even stronger clonal manifestation in BM and CD34 cells. In MDS, XCIP skewing levels were distinctively elevated as compared with controls of similar age and higher degrees were associated with poor clinical outcome. CONCLUSIONS: Transcriptional clonal profiling via pyrosequencing allows accurate assessment of XCIP ratios, confirms the validity of the DNA-methylation based HUMARA assay and reveals important insights into ageing healthy and myelodysplastic haematopoiesis.