アーカイブ材料の再訪に関する発現分析：FFPEサンプルから抽出されたRNAの分離と定量化

背景：ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織は、遺伝子発現研究のために最も容易に利用可能なRNA源です。主な欠点は、孤立したRNAの品質が低いことです。私たちのグループは最近、5つの市販のRNA分離キットを比較し、QiagenのRNeasy FFPEキットが最も適切なものであると結論付けました。ただし、このキットは中止され、新しいバージョンに置き換えられています。この研究では、両方のキットが比較され、FFPE組織から抽出されたRNAサンプルの定量化のための分光光度および蛍光分析。 方法：両方のRNEASY FFPEキットを、RNAの総収量、純度、および生サイクルのしきい値について比較しました。分離されたRNAの量と品質は、Nanodrop ND-1000分光光度計とQubit 2.0蛍光計を使用して測定されました。 結果：ナノドロップを使用して測定されたFFPE組織から抽出されたRNAの平均濃度は、qubitを使用して測定された濃度よりも32.0％±9.5％高かった。細胞株から抽出されたRNAサンプルを測定する場合、両方の方法を使用して測定された濃度は類似していました。両方のRNEASY FFPEキットを比較すると、RNAの総収量、純度、および生サイクルのしきい値についてわずかな違いが観察されました。ただし、古いキットを使用して分離されたサンプル内の残留DNAは、新しいキットを使用して分離されたサンプルよりも高かった。 結論：蛍光分析は、分光光度分析と比較して、FFPE組織から抽出されたRNAサンプルの定量化により適しています。FFPE組織からのRNA分離には、古いRNESYと新しいRNEASY FFPEキットの両方が適切でした。新しいキットは、より効率的なDNA除去をもたらしました。

BACKGROUND: Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue is the most readily available source of RNA for the gene expression studies. The main disadvantage is the poor quality of isolated RNA. Our group recently compared 5 commercially available RNA isolation kits and concluded that the RNeasy FFPE kit from Qiagen was the most appropriate one. However, this kit has been discontinued and replaced by a new version. In this study both kits were compared, and spectrophotometric and fluorometric analyses for quantification of RNA samples extracted from FFPE tissue. METHODS: Both RNeasy FFPE kits were compared for the total RNA and DNA yields, purity, and raw cycle threshold. Quantity and quality of the isolated RNA was measured using the NanoDrop ND-1000 spectrophotometer and Qubit 2.0 fluorometer. RESULTS: The average concentration of RNA extracted from FFPE tissue measured using the NanoDrop was 32.0%±9.5% higher than the concentration measured using the Qubit. When measuring an RNA sample extracted from a cell line, the concentration measured using both methods was similar. When comparing both RNeasy FFPE kits, marginal differences were observed for total RNA yield, purity, and raw cycle threshold. However, the residual DNA in the samples isolated using the old kit was higher than in the samples isolated using the new kit. CONCLUSIONS: A fluorometric analysis is more suitable for quantification of RNA samples extracted from FFPE tissue compared with spectrophotometric analysis. For RNA isolation from FFPE tissue, both old and new RNeasy FFPE kits were adequate. The new kit resulted in more efficient DNA removal.