統合されたデータベースコンテキストでの微生物ゲノム注釈の改善

微生物ゲノムの効果的な比較分析には、生物学的データの一貫した完全な見解が必要です。一貫性は、注釈の生物学的一貫性を考慮し、完全性はゲノムの機能的特性評価の範囲とカバレッジを示しています。科学者が統合された微生物ゲノム（IMG）ファミリーのコンテキストで微生物ゲノム注釈の一貫性と完全性を評価および改善できるようにするツールを開発しました。公開されているすべての微生物ゲノムは、さまざまな機能注釈と経路リソースを使用してIMGで特徴付けられているため、注釈の矛盾を特定して解決するための包括的なフレームワークを提供します。IMGの表現型を予測するためのルールベースのシステムは、機能的注釈を検証するための強力なメカニズムを提供します。これにより、生物の表現型特性は、特定の代謝反応と経路の存在に基づいて推測され、実験的に観察された表現型と比較されます。IMGファミリーのシステムは、http：//img.jgi.doe.gov/で入手できます。

Effective comparative analysis of microbial genomes requires a consistent and complete view of biological data. Consistency regards the biological coherence of annotations, while completeness regards the extent and coverage of functional characterization for genomes. We have developed tools that allow scientists to assess and improve the consistency and completeness of microbial genome annotations in the context of the Integrated Microbial Genomes (IMG) family of systems. All publicly available microbial genomes are characterized in IMG using different functional annotation and pathway resources, thus providing a comprehensive framework for identifying and resolving annotation discrepancies. A rule based system for predicting phenotypes in IMG provides a powerful mechanism for validating functional annotations, whereby the phenotypic traits of an organism are inferred based on the presence of certain metabolic reactions and pathways and compared to experimentally observed phenotypes. The IMG family of systems are available at http://img.jgi.doe.gov/.