C型肝炎ウイルス（+）鎖亜遺伝子RNAに関連する宿主細胞因子の親和性捕獲と同定

C型肝炎ウイルス（HCV）感染は、慢性肝炎につながる肝臓肝硬変、肝細胞癌、および肝不全の因果関係の主要な要因です。このプロセスには、さまざまな宿主細胞因子の相互作用、およびこれらの因子とウイルスRNAおよびタンパク質との相互作用が含まれる場合があります。MH14宿主細胞に関連する細胞およびウイルス因子とともに、HCV RNA（+）rNAのin situ捕獲のためにHCV RNAを標的とする配列特異的ビオチン化ペプチド核酸（PNA） - ニーマインコンジュゲートを使用して、新しい戦略を報告します。。LC/MS/MSと組み合わせてこのアフィニティキャプチャシステムを使用して、ウイルスゲノムに関連する3つのウイルスタンパク質（NS5B、NS5A、およびNS3-4Aプロテアーゼヘリカーゼ）を特定しました。キャプチャは非常に具体的でした。これらのタンパク質は、PNa-neamineプローブの細胞に標的配列が存在しないため、およびオリゴマーDNAとは異なり、細胞タンパク質がPNAに親和性を持たないため、HCVレプリコンを欠いている硬化MH14細胞で採点されませんでした。特定された細胞因子は、シグナル伝達、腫瘍、シャペリニン、転写調節因子、RNAヘリカーゼ、死んだボックスタンパク質、リボソームタンパク質、翻訳調節因子/因子、および代謝酵素など、細胞因子の多様なセットを表す代謝酵素など、さまざまな官能基に属します。HCV RNAゲノムに関連付けられています。HCVレプリコン細胞株における選択されたタンパク質の多様なクラスの小さな干渉サイレンシングは、HCV複製/翻訳を促進または阻害したものであり、これらの細胞因子がHCV複製における調節の役割を持っていることを示唆しています。

Hepatitis C virus (HCV) infection leading to chronic hepatitis is a major factor in the causation of liver cirrhosis, hepatocellular carcinoma, and liver failure. This process may involve the interplay of various host cell factors, as well as the interaction of these factors with viral RNA and proteins. We report a novel strategy using a sequence-specific biotinylated peptide nucleic acid (PNA)-neamine conjugate targeted to HCV RNA for the in situ capture of subgenomic HCV (+) RNA, along with cellular and viral factors associated with it in MH14 host cells. Using this affinity capture system in conjunction with LC/MS/MS, we have identified 83 cellular factors and three viral proteins (NS5B, NS5A, and NS3-4a protease-helicase) associated with the viral genome. The capture was highly specific. These proteins were not scored with cured MH14 cells devoid of HCV replicons because of the absence of the target sequence in cells for the PNA-neamine probe and also because, unlike oligomeric DNA, cellular proteins have no affinity for PNA. The identified cellular factors belong to different functional groups, including signaling, oncogenic, chaperonin, transcriptional regulators, and RNA helicases as well as DEAD box proteins, ribosomal proteins, translational regulators/factors, and metabolic enzymes, that represent a diverse set of cellular factors associated with the HCV RNA genome. Small interfering RNA-mediated silencing of a diverse class of selected proteins in an HCV replicon cell line either enhanced or inhibited HCV replication/translation, suggesting that these cellular factors have regulatory roles in HCV replication.