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CPG部位でのDNAメチル化に関連する遺伝的変異体（メチル化の定量的形質遺伝子座、MEQTL）は、疾患関連SNPの潜在的な生物学的作用メカニズムを提供します。MEQTLが腹部皮下脂肪組織（SAT）に存在するかどうか、およびCPGメチル化がメタボリックシンドローム（METSYN）表現型と関連するかどうかを調査しました。差動メチル化ハイブリダイゼーション（DMH）を使用して、5,227,243 SNPでの遺伝子型と17,209 mRNA転写産物の発現を使用して、38の無関係な個人の腹部SATサンプルの27,718のゲノム領域を紹介しました。重要なMEQTLの検証と複製は、181人の女性双子の独立したコホートで追求されました。5％の誤検出率では、149 DMH領域のメチル化レベルが、主要な研究で±500キロ塩基シス領域で少なくとも1つのSNPと関連していることがわかります。複製研究でこれらの19を検証し、これらのうち5つが主要な研究の対応するMEQTL SNPと大幅に関連していることを発見しようとしました。149 MEQTL TOP SNPはどれも、発現データに重要な発現定量的特性軌跡ではないことがわかりましたが、2つのmRNA転写産物の発現レベルとCISメチル化状態の間に関連が観察されました。我々の結果は、腹部SATにおけるDNA CPGメチル化が部分的に遺伝的制御下にあることを示しています。この研究は、脂肪組織におけるDNAメチル化の将来の調査の出発点を提供します。
CPG部位でのDNAメチル化に関連する遺伝的変異体（メチル化の定量的形質遺伝子座、MEQTL）は、疾患関連SNPの潜在的な生物学的作用メカニズムを提供します。MEQTLが腹部皮下脂肪組織（SAT）に存在するかどうか、およびCPGメチル化がメタボリックシンドローム（METSYN）表現型と関連するかどうかを調査しました。差動メチル化ハイブリダイゼーション（DMH）を使用して、5,227,243 SNPでの遺伝子型と17,209 mRNA転写産物の発現を使用して、38の無関係な個人の腹部SATサンプルの27,718のゲノム領域を紹介しました。重要なMEQTLの検証と複製は、181人の女性双子の独立したコホートで追求されました。5％の誤検出率では、149 DMH領域のメチル化レベルが、主要な研究で±500キロ塩基シス領域で少なくとも1つのSNPと関連していることがわかります。複製研究でこれらの19を検証し、これらのうち5つが主要な研究の対応するMEQTL SNPと大幅に関連していることを発見しようとしました。149 MEQTL TOP SNPはどれも、発現データに重要な発現定量的特性軌跡ではないことがわかりましたが、2つのmRNA転写産物の発現レベルとCISメチル化状態の間に関連が観察されました。我々の結果は、腹部SATにおけるDNA CPGメチル化が部分的に遺伝的制御下にあることを示しています。この研究は、脂肪組織におけるDNAメチル化の将来の調査の出発点を提供します。
Genetic variants that associate with DNA methylation at CpG sites (methylation quantitative trait loci, meQTLs) offer a potential biological mechanism of action for disease associated SNPs. We investigated whether meQTLs exist in abdominal subcutaneous adipose tissue (SAT) and if CpG methylation associates with metabolic syndrome (MetSyn) phenotypes. We profiled 27,718 genomic regions in abdominal SAT samples of 38 unrelated individuals using differential methylation hybridization (DMH) together with genotypes at 5,227,243 SNPs and expression of 17,209 mRNA transcripts. Validation and replication of significant meQTLs was pursued in an independent cohort of 181 female twins. We find that, at 5% false discovery rate, methylation levels of 149 DMH regions associate with at least one SNP in a ±500 kilobase cis-region in our primary study. We sought to validate 19 of these in the replication study and find that five of these significantly associate with the corresponding meQTL SNPs from the primary study. We find that none of the 149 meQTL top SNPs is a significant expression quantitative trait locus in our expression data, but we observed association between expression levels of two mRNA transcripts and cis-methylation status. Our results indicate that DNA CpG methylation in abdominal SAT is partly under genetic control. This study provides a starting point for future investigations of DNA methylation in adipose tissue.
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