病原性ミスセンス変異の予測の一致：最先端のWebベースのツール

いくつかの集団から数千人の被験者から得られたサンプルの深いシーケンスを通じて、DNAのタンパク質をコードする領域で顕著な程度の遺伝的変異が発見されています。存在する20,000の単一ヌクレオチド多型の約半分は、通常の健康な被験者であっても、タンパク質機能に潜在的に影響を与える可能性のある非同義のアミノ酸置換です。現在、調査員が直面している最大の課題は、データ解釈と、実際に疾患の感受性を引き起こすか授与するいくつかの遺伝子コーディングバリアントを特定するための戦略の開発です。この問題に対処するために、混乱するオプションの配列を利用できます。残念ながら、これらのツールの全体的な正確性は超自己保持位置での精度が低く、現在の計算ツールによって生成される予測は、下流の実験および臨床研究に関与する研究者を誤解させる可能性があります。まず、これらのツールとその主要な機能の更新されたレビューを提示しました。これは、自然に巨大なバリアントセットを分析する傾向があるものに焦点を当て、結果の間に興味深い類似点を推測します。さらに、これらのWebベースのツールのいくつかに関する概念実証研究で、実際の全エクソームシーケンスデータの予測の一致を評価しました。

A remarkable degree of genetic variation has been found in the protein-encoding regions of DNA through deep sequencing of samples obtained from thousands of subjects from several populations. Approximately half of the 20 000 single nucleotide polymorphisms present, even in normal healthy subjects, are nonsynonymous amino acid substitutions that could potentially affect protein function. The greatest challenges currently facing investigators are data interpretation and the development of strategies to identify the few gene-coding variants that actually cause or confer susceptibility to disease. A confusing array of options is available to address this problem. Unfortunately, the overall accuracy of these tools at ultraconserved positions is low, and predictions generated by current computational tools may mislead researchers involved in downstream experimental and clinical studies. First, we have presented an updated review of these tools and their primary functionalities, focusing on those that are naturally prone to analyze massive variant sets, to infer some interesting similarities among their results. Additionally, we have evaluated the prediction congruency for real whole-exome sequencing data in a proof-of-concept study on some of these web-based tools.