大規模系統解析におけるネットワーク：4つのプラスチド遺伝子に基づくアスパラガレス（リリアナエ）の進化史の再構築

系統解析は、分岐ツリーを生成することを目的としています。これは、矛盾するシグナルを無視し、データの大部分に存在するもののみを表示することを目的としています。ただし、データセット内のキャラクター（またはツリー）の競合により、さまざまな進化的仮説のサポートの調査が可能になります。データディスプレイネットワークアプローチは存在しますが、生物学者は数百の分類群を含む実際のデータセットでルート化された系統発生ネットワークを簡単に使用することはできません。ここでは、系統発生を解釈するために重要な結果のネットワークの側面を強調するために、アスパラガレスの大きなデータセット用のオリジナルのNeighbour-netを構築しました。分析は、以前の研究と同じ遺伝子座に対して収集された新しいデータで主に実施されましたが、公開された分析よりも多くの場合、さまざまな種のアクセスとより大きなサンプリングから行われました。ネットワークツリーは、ツリービルディングの前のプラスチド配列の特性の多数データパターンを要約しました。これは、現在認識されている系統発生関係を大部分確認しました。ほとんどの矛盾するシグナルは、アスパラガレスバックボーンに沿った各グループの基盤にあり、期待を確立し、いくつかの困難な分類群関係とその系統発生の理解を促進するのに役立ちます。ネットワーク方法は、系統解析で過去よりも大きな役割を果たす必要があります。モノコットアスパラガレスの最大順序の進化的歴史の理解を促進するために、リラックスした分子時計分析を使用して、家族レベルのクレードについて絶対的な多様化時間を推定しました。

Phylogenetic analysis aims to produce a bifurcating tree, which disregards conflicting signals and displays only those that are present in a large proportion of the data. However, any character (or tree) conflict in a dataset allows the exploration of support for various evolutionary hypotheses. Although data-display network approaches exist, biologists cannot easily and routinely use them to compute rooted phylogenetic networks on real datasets containing hundreds of taxa. Here, we constructed an original neighbour-net for a large dataset of Asparagales to highlight the aspects of the resulting network that will be important for interpreting phylogeny. The analyses were largely conducted with new data collected for the same loci as in previous studies, but from different species accessions and greater sampling in many cases than in published analyses. The network tree summarised the majority data pattern in the characters of plastid sequences before tree building, which largely confirmed the currently recognised phylogenetic relationships. Most conflicting signals are at the base of each group along the Asparagales backbone, which helps us to establish the expectancy and advance our understanding of some difficult taxa relationships and their phylogeny. The network method should play a greater role in phylogenetic analyses than it has in the past. To advance the understanding of evolutionary history of the largest order of monocots Asparagales, absolute diversification times were estimated for family-level clades using relaxed molecular clock analyses.