Cbioportalを使用した複雑ながんゲノミクスと臨床プロファイルの統合分析

がんゲノミクスのためのCBioportal（http://cbioportal.org）は、多次元がんゲノミクスデータを探索、視覚化、分析するためのWebリソースを提供します。このポータルは、癌組織および細胞株からの分子プロファイリングデータを容易に理解できる遺伝的、エピジェネティック、遺伝子発現、およびプロテオームイベントに削減します。カスタマイズされたデータストレージと組み合わせたクエリインターフェイスにより、研究者はサンプル、遺伝子、経路全体の遺伝的変化をインタラクティブに探索し、基礎となるデータで利用可能な場合、これらを臨床結果にリンクできます。ポータルは、複数のプラットフォーム、ネットワークの視覚化と分析、生存分析、患者中心のクエリ、ソフトウェアプログラマティックアクセスからの遺伝子レベルデータのグラフィカルな要約を提供します。ポータルの直感的なWebインターフェイスにより、複雑ながんゲノミクスプロファイルが、バイオインフォマティクスの専門知識を必要とせずに研究者や臨床医がアクセスできるようにし、生物学的発見を促進します。ここでは、がんゲノミクスのためのCbioportalの分析と視覚化の特徴に関する実用的なガイドを提供します。

The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. The portal reduces molecular profiling data from cancer tissues and cell lines into readily understandable genetic, epigenetic, gene expression, and proteomic events. The query interface combined with customized data storage enables researchers to interactively explore genetic alterations across samples, genes, and pathways and, when available in the underlying data, to link these to clinical outcomes. The portal provides graphical summaries of gene-level data from multiple platforms, network visualization and analysis, survival analysis, patient-centric queries, and software programmatic access. The intuitive Web interface of the portal makes complex cancer genomics profiles accessible to researchers and clinicians without requiring bioinformatics expertise, thus facilitating biological discoveries. Here, we provide a practical guide to the analysis and visualization features of the cBioPortal for Cancer Genomics.