Helicobacter pyloriからのプライマーゼのC末端ドメインのヘリカーゼ結合の結晶構造とモード

1.78ÅのヘリコバクターピロリDNAG C末端ドメイン（HPDNAG-CTD）の結晶構造を、1.78Åで、ヘリカーゼ結合ドメイン（DNAG）のヘリカーゼ結合ドメイン（DNAGS）の保存不良をよりよく理解するためによりよく理解するために。構造には、らせんヘアピンに接続された球状サブドメインがあります。構造比較により、ヘリックスの数の変動にもかかわらず、球状のサブドメインは種全体でほぼ同様の配置を持っているのに対し、ヘリカルのヘアピンは異なる方向を示していることが明らかになりました。さらに、H. pyloriのヘリカーゼプライマーゼ相互作用を研究するために、HPDNAG-CTDおよびHPDNAB-NTD（ヘリカーゼ）結晶構造を使用して複合体をモデル化しました。レンプレート。このモデルを使用することにより、DNAG-CTDのヘリカーゼ結合界面に保存されていない臨界残基PHE534が同定されました。分子動力学、生物物理学的、および生化学的研究によって導かれた突然変異が私たちのモデルを検証しました。さらに、種固有のヘリカーゼプライマーゼ相互作用は、重要な疎水性表面残基とは別の静電表面電位の影響を受けると結論付けました。

To better understand the poor conservation of the helicase binding domain of primases (DnaGs) among the eubacteria, we determined the crystal structure of the Helicobacter pylori DnaG C-terminal domain (HpDnaG-CTD) at 1.78 Å. The structure has a globular subdomain connected to a helical hairpin. Structural comparison has revealed that globular subdomains, despite the variation in number of helices, have broadly similar arrangements across the species, whereas helical hairpins show different orientations. Further, to study the helicase-primase interaction in H. pylori, a complex was modeled using the HpDnaG-CTD and HpDnaB-NTD (helicase) crystal structures using the Bacillus stearothermophilus BstDnaB-BstDnaG-CTD (helicase-primase) complex structure as a template. By using this model, a nonconserved critical residue Phe534 on helicase binding interface of DnaG-CTD was identified. Mutation guided by molecular dynamics, biophysical, and biochemical studies validated our model. We further concluded that species-specific helicase-primase interactions are influenced by electrostatic surface potentials apart from the critical hydrophobic surface residues.