コウモリのベタコロナウイルス系統cウイルスの遺伝的特性は、日本のピピストレルにおけるピピストレルスコウモリコロナウイルスHKU5のスパイクタンパク質に顕著な配列相違点を明らかにします：新規中東呼吸器症候群コロナウイルスの起源への影響

新規中東呼吸器症候群コロナウイルス（MERS-COV）は、香港からのbat、および他の潜在的な潜在系統系リンゲC batacoronaviurusesの潜在的な潜在的な系統系linege c batcoronavirusesのbatsで、Tylonycteris bat cov hku4（ty-batcov hku4）およびpipistrellus bat cov hku5（pi-batcov hku5）と密接に関連していますがアフリカ、ヨーロッパ、アメリカのコウモリでは、その動物の起源は不明瞭なままです。コウモリの起源におけるコウモリの役割をよりよく理解するために、コウモリの間の系統Cベタコロナウイルスの分子疫学と進化を調べました。Ty-BatCov HKU4およびPI-BATCOV HKU5は、それぞれLesser Bamboo Bat（Tylonycteris pachypus）および日本のピピストレル（Pipistrellus abramus）の29％および25％で検出されました。RNAポリメラーゼ（RDRP）、スパイク、およびヌクレオカプシド（N）遺伝子の配列決定により、MERS-COVはRDRPのPi-BatCov HKU5により密接に関連していることが明らかになりました（92.1％から92.3％アミノ酸[AA]アイデンティティ）がS（66.8％から67.4％AAアイデンティティ）およびN（71.9％から72.3％AAアイデンティティ）のTy-BatCov HKU4とより密接に関連しています。両方のウイルスは精製選択中でしたが、PI-BATCOV HKU5のSは、TY-BATCOV HKU4よりも顕著な配列多型とより正の選択された部位を示し、PI-BATCOV HKU5が宿主の新しい生態学的ニッチを占有するためにバリエーションを生成する可能性があることを示唆しています。多様な生息地で。分子時計分析により、少なくとも数世紀前にMers-Covと共通の祖先から分岐したことが示されました。MERS-COVは、最近ではヨーロッパのコウモリの潜在的な系統Cベタコロナウイルスから分岐した可能性がありますが、これらのコウモリウイルスはMERS-COVの直接的な祖先であるとは考えにくいです。ピピストレルスの系統cベタコフと中東の多様な生息地や他の動物を持つ関連するコウモリの集中的な監視は、進化のギャップを埋める可能性があります。

While the novel Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is closely related to Tylonycteris bat CoV HKU4 (Ty-BatCoV HKU4) and Pipistrellus bat CoV HKU5 (Pi-BatCoV HKU5) in bats from Hong Kong, and other potential lineage C betacoronaviruses in bats from Africa, Europe, and America, its animal origin remains obscure. To better understand the role of bats in its origin, we examined the molecular epidemiology and evolution of lineage C betacoronaviruses among bats. Ty-BatCoV HKU4 and Pi-BatCoV HKU5 were detected in 29% and 25% of alimentary samples from lesser bamboo bat (Tylonycteris pachypus) and Japanese pipistrelle (Pipistrellus abramus), respectively. Sequencing of their RNA polymerase (RdRp), spike (S), and nucleocapsid (N) genes revealed that MERS-CoV is more closely related to Pi-BatCoV HKU5 in RdRp (92.1% to 92.3% amino acid [aa] identity) but is more closely related to Ty-BatCoV HKU4 in S (66.8% to 67.4% aa identity) and N (71.9% to 72.3% aa identity). Although both viruses were under purifying selection, the S of Pi-BatCoV HKU5 displayed marked sequence polymorphisms and more positively selected sites than that of Ty-BatCoV HKU4, suggesting that Pi-BatCoV HKU5 may generate variants to occupy new ecological niches along with its host in diverse habitats. Molecular clock analysis showed that they diverged from a common ancestor with MERS-CoV at least several centuries ago. Although MERS-CoV may have diverged from potential lineage C betacoronaviruses in European bats more recently, these bat viruses were unlikely to be the direct ancestor of MERS-CoV. Intensive surveillance for lineage C betaCoVs in Pipistrellus and related bats with diverse habitats and other animals in the Middle East may fill the evolutionary gap.