3-LOCI変数のタンデム繰り返しの数分分子サブタイピングの分析O1およびO139

迅速で使いやすい分子サブタイピング方法が調査されており、複数のロシ数のタンデムリピート（VNTR）分析（MLVA）を含む細菌疾患の監視に使用されています。この研究では、長期的な全国コレラ調査から選択されたひずみパネルを使用して、Vibrio Cholerae Serogroups O1およびO139のサブタイピングについて、さまざまなVNTRの組み合わせを評価しました。3つの非常に可変性のある遺伝子座（VC0147、VCA0171、およびVCA0283）のみを使用することにより、9つの遺伝子座とパルスフィールドゲル電気泳動分析の組み合わせを使用した後に見られるものに等しい高い識別力を獲得しました。アウトブレイク株を使用した評価により、3-Loci MLVA（VC0147、VCA0171、およびVCA0283）の良好なクラスタリングが示されました。さらに、6-LOCI MLVA（VC0147、VC0437、VC1457、VC1650、VCA0171、およびVCA0283）プロトコルにより、異なる血清型/Xigenic/nontigenicの特性を持つO1/O139 V. cholerae株のクラスタリングが可能になりました。ここでは、コレラ疫学的調査で3-Loci MLVAを分子サブタイピングプロトコルとして利用できることを提案し、6-LOCI MLVAはV. cholerae O1/O139の系統発生および集団構造分析で使用できることを提案します。

Rapid and easy-to-use molecular subtyping methods are being explored and used for the surveillance of bacterial diseases, including multiple-loci variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA). In this study, we assessed different VNTR combinations for the subtyping of Vibrio cholerae serogroups O1 and O139 with strain panels selected from a long-term nationwide cholera survey. By only using three highly variable loci (VC0147, VCA0171, and VCA0283), we acquired a high discriminatory power, which equals that found after using a combination of all nine loci and that of a pulsed-field gel electrophoresis analysis. Evaluation using the outbreak strains showed a good clustering of the three-loci MLVA (VC0147, VCA0171, and VCA0283). In addition, a six-loci MLVA (VC0147, VC0437, VC1457, VC1650, VCA0171, and VCA0283) protocol allowed for the clustering of O1/O139 V. cholerae strains, which have different serogroups/biotypes and toxigenic/nontoxigenic characteristics. Here, we propose that the three-loci MLVA can be utilized as a molecular subtyping protocol in cholera epidemiological investigations, and the six-loci MLVA can be used in phylogenetic and population structure analyses of V. cholerae O1/O139.