NHMMER：プロファイルHMMSを使用したDNA相同性検索

概要：シーケンスデータベース検索は分子生物学の重要な部分であり、タンパク質、RNA分子、およびDNA配列要素の機能と進化履歴に関する情報を提供します。HMMERフレームワークに基づいて構築されたDNA/DNA配列比較のツールを提示します。これは、隠されたマルコフモデルに基づいて相同性検索の問題に基づいて確率的推論方法を適用します。NHMMERと呼ばれるこのツールは、リモートDNAホモログの検出を改善できるようにし、DFAMとRepeatmaskerと組み合わせて使用​​されて、ヒトゲノムの転置可能な要素の注釈を改善しています。 可用性：NHMMERは、新しいHMMER3.1リリースの一部です。ソースコードとドキュメントは、http：//hmmer.orgからダウンロードできます。HMMER3.1は、GNU GPLV3の下で自由にライセンスされており、LinuxやMac OS/Xを含むPOSIX準拠のオペレーティングシステムに移植可能である必要があります。

SUMMARY: Sequence database searches are an essential part of molecular biology, providing information about the function and evolutionary history of proteins, RNA molecules and DNA sequence elements. We present a tool for DNA/DNA sequence comparison that is built on the HMMER framework, which applies probabilistic inference methods based on hidden Markov models to the problem of homology search. This tool, called nhmmer, enables improved detection of remote DNA homologs, and has been used in combination with Dfam and RepeatMasker to improve annotation of transposable elements in the human genome. AVAILABILITY: nhmmer is a part of the new HMMER3.1 release. Source code and documentation can be downloaded from http://hmmer.org. HMMER3.1 is freely licensed under the GNU GPLv3 and should be portable to any POSIX-compliant operating system, including Linux and Mac OS/X.