BRIC-seq：哺乳類細胞のRNA安定性を決定するためのゲノム全体のアプローチ

最近、5'-ブロモ - ウリジン（BRU）免疫沈降チェイスディープシーケンス分析（BRIC-Seq）と呼ばれる新しいトランスクリプトーム分析方法を開発しました。BRIC-seqは、生理学的に邪魔されない条件下でBRU標識RNAの時系列減少を追いかけることにより、ゲノム全体のRNA安定性の決定を可能にします。各転写産物のRNA半減期は、Bru標識RNAの深いシーケンスによって測定されたBru標識RNA配列タグの数の減少から計算されます。ここでは、詳細なプロトコルについて説明し、BRIC-seqのヒントを提供し、その後に計算分析を行います。

We recently developed a novel transcriptome analysis method, termed 5'-bromo-uridine (BrU) immunoprecipitation chase-deep sequencing analysis (BRIC-seq). BRIC-seq enables the determination of genome-wide RNA stability by chasing chronological decreases of BrU-labeled RNAs under physiologically undisturbed conditions. The RNA half-life of each transcript is calculated from the decreasing number of BrU-labeled RNA sequence tags measured by deep sequencing of BrU-labeled RNAs. Here, we describe a detailed protocol and provide tips for BRIC-seq, followed by computational analysis.