Crapome：アフィニティ浄化質量分析データのための汚染物質リポジトリ

質量分析（AP-MS）と組み合わせたアフィニティ精製は、タンパク質間相互作用の同定に広く使用されているアプローチです。ただし、特定の目的タンパク質について、特定されたポリペプチドのどれが背景汚染物質（例えば、固相サポート、アフィニティ試薬、またはエピトープタグと相互作用するタンパク質）であるものに対して、真正な相互作用を表すかを決定することは困難な作業です。標準的なアプローチは、1つ以上の負のコントロール浄化を使用して非特異的相互作用を特定することですが、多くの小規模なAP-MS研究では、利用可能なコントロールが制限されている場合、完全で正確な背景タンパク質セットをキャプチャしません。幸いなことに、ネガティブコントロールは大部分が独立しています。したがって、複数のAP-MS研究からのネガティブコントロールを集約すると、特定の実験プロトコルに関連するバックグラウンドの特性評価が向上する可能性があります。ここでは、アフィニティ浄化のための汚染物質リポジトリ（クラポーム）を提示し、タンパク質間相互作用のスコアリングに使用することを説明します。リポジトリ（現在HOMO SAPIENSおよびSACCHAROMYCES CEREVISIAEで利用可能）と計算ツールは、http：//www.crapome.org/で自由にアクセスできます。

Affinity purification coupled with mass spectrometry (AP-MS) is a widely used approach for the identification of protein-protein interactions. However, for any given protein of interest, determining which of the identified polypeptides represent bona fide interactors versus those that are background contaminants (for example, proteins that interact with the solid-phase support, affinity reagent or epitope tag) is a challenging task. The standard approach is to identify nonspecific interactions using one or more negative-control purifications, but many small-scale AP-MS studies do not capture a complete, accurate background protein set when available controls are limited. Fortunately, negative controls are largely bait independent. Hence, aggregating negative controls from multiple AP-MS studies can increase coverage and improve the characterization of background associated with a given experimental protocol. Here we present the contaminant repository for affinity purification (the CRAPome) and describe its use for scoring protein-protein interactions. The repository (currently available for Homo sapiens and Saccharomyces cerevisiae) and computational tools are freely accessible at http://www.crapome.org/.