全ゲノムシーケンスは、クロストリジウムディフィシルによる感染の再感染と再発を防ぐために、フィダキソマイシンがバンコマイシンよりも優れていることを示しています

全ゲノムシーケンスを使用して、重要なフェーズ3試験でフィダクソミシンで観察されたクロストリジウムディフィシル感染の再発の減少が、同じ感染の再発を防ぐこと、新しい株での再射撃を防ぐか、両方の結果を防ぐことにより、同じ感染の再発を防ぐことにより発生したかどうかを判断しました。C. difficileの対になった分離株は、再発のある199人の参加者のうち93人から入手できました（28人をフィダキソマシンで処理し、65人をバンコマイシンで処理しました）。C. difficileの進化率を考えると、ペアのサンプル2以下の単一ヌクレオチド変異体（SNV）は再発と見なされ、ペアのサンプル> 10のSNVは再感染と見なされ、これらの3-10 SNVは（または全ジェノムシーケンスなし）と見なされ、競合するリスクのサバイバル分析では不定と見なされました。Fidaxomicinは、再発のリスクを低下させました（競合するリスクハザード比[HR]、0.40 [95％信頼区間{CI}]、.25-.66]; P = .0003）および再感染（競合リスクHR、0.33 [95％CI、0.11-1.01]; P = .05）。

Whole-genome sequencing was used to determine whether the reductions in recurrence of Clostridium difficile infection observed with fidaxomicin in pivotal phase 3 trials occurred by preventing relapse of the same infection, by preventing reinfection with a new strain, or by preventing both outcomes. Paired isolates of C. difficile were available from 93 of 199 participants with recurrences (28 were treated with fidaxomicin, and 65 were treated with vancomycin). Given C. difficile evolutionary rates, paired samples ≤2 single-nucleotide variants (SNVs) apart were considered relapses, paired samples >10 SNVs apart were considered reinfection, and those 3-10 SNVs apart (or without whole-genome sequences) were considered indeterminate in a competing risks survival analysis. Fidaxomicin reduced the risk of both relapse (competing risks hazard ratio [HR], 0.40 [95% confidence interval {CI}, .25-.66]; P = .0003) and reinfection (competing risks HR, 0.33 [95% CI, 0.11-1.01]; P = .05).