珍しいG1P [6]ブタロタウイルスの遺伝的背景にH2遺伝子型を運ぶスーパーショートヒトロタウイルス株

再配置された11番目のゲノムセグメントを持つロタウイルス株は、スーパーショートRNA電気療法型を示す可能性があります。ヒト株の例は、69M、57M、B37、MC345、AU19、B4106、およびBE2001に制限されており、さまざまなGおよびP遺伝子型がありました。AU19は、重度の急性胃腸炎の日本の乳児で検出されたまれなG1P [6]ヒトロタウイルス株です。この研究は、Au19の遺伝子型星座を決定することにより、Au19の起源をよりよく理解するために行われました。ほぼ完全なゲノム配列決定により、Au19にはG1-P [6] -I5-R1-C1-A8-N1-T1-H2遺伝子型星座がありました。I5およびA8遺伝子型の所持は、そのブタロタウイルス起源を示していますが、H2遺伝子型の所有は、ヒトロタウイルス起源のDS-1を示しています。ブタとヒトのロタウイルス間の遺伝子型を共有するゲノムセグメントの系統発生系レベルでは、VP1-4、VP7、NSP3-4遺伝子は、ブタロタウイルスのものと最も密接に関連していましたが、NSP2遺伝子の起源は決定的ではありませんでした。NSP5遺伝子に関しては、Au19と他の3つのスーパーショートヒト株、69M、57M、およびB37を含む系統は、DS-1が短株（H2A）に属している系統でクラスター化されたH2遺伝子型（H2B）を運びます（H2A）取るに足らないブートストラップサポートがありますが。これらすべての観察結果を一緒に服用して、Au19は、おそらく共循環する人間の緊張からの遺伝的再所得によるまれなH2B遺伝子型の獲得と相まって、ブタロタウイルスの子どもへの種間伝達の結果として、出現する可能性がありました。以前のスーパーショートロタウイルス株によって共有された多くの均一なH2B遺伝子型にAu19 NSP5配列を添加すると、H2B遺伝子型の遺伝的多様性がH2A遺伝子型のように多様性を備えており、H2B遺伝子型を運ぶスーパーショート株が持つスーパーショート株が持つという仮説を貸し出すサポートを貸し出しました。長い間、人口に気付かれずに循環していました。

Rotavirus strains with a rearranged 11th genome segment may show super-short RNA electropherotypes. Examples from human strains were limited to seven strains, 69M, 57M, B37, Mc345, AU19, B4106 and BE2001, which have a variety of G and P genotypes. AU19 is a rare G1P[6] human rotavirus strain detected in a Japanese infant with severe acute gastroenteritis. This study was undertaken to better understand the origin of AU19 by determining the genotype constellation of AU19. Upon nearly-full genome sequencing, AU19 had a G1-P[6]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H2 genotype constellation. Possession of I5 and A8 genotypes is indicative of its porcine rotavirus origin, whereas possession of H2 genotype is indicative of its DS-1 like human rotavirus origin. At the phylogenetic lineage level for the genome segments that share the genotype between porcine and human rotaviruses, the VP1-4, VP7, NSP3-4 genes were most closely related to those of porcine rotaviruses, but the origin of the NSP2 gene was inconclusive. As to the NSP5 gene, the lineage containing AU19 and the other three super-short human strains, 69M, 57M and B37, carrying the H2 genotype (H2b) clustered with the lineage to which DS-1- like short strains belonged (H2a) albeit with an insignificant bootstrap support. Taken all these observations together, AU19 was likely to emerge as a consequence of interspecies transmission of a porcine rotavirus to a child coupled with the acquisition of a rare H2b genotype by genetic reassortment probably from a co-circulating human strain. The addition of the AU19 NSP5 sequence to much homogeneous H2b genotypes shared by previous super-short rotavirus strains made the genetic diversity of H2b genotypes as diverse as that of the H2a genotype, lending support to the hypothesis that super-short strains carrying H2b genotype have long been circulating unnoticed in the human population.