FSHD分子検査のための簡略化されたアプローチ

背景：facioscapulohumeral筋ジストロフィー（FSHD）は、D4Z4セグメントを繰り返して繰り返される多型ゲノム領域におけるDNA再編成に関連する複雑な遺伝学によって特徴付けられます。4QA（159/161/168）PASハプロタイプと組み合わせた契約型D4Z4アレイリピートを含むFSHDバイオマーカーのパネルは、FSHDに因果関係に因果的に関連する対立遺伝子を定義するための分子シグネチャとして提案されています。本研究の目的は、ギリシャの集団におけるFSHD分子シグネチャの適用性に関連する研究を拡張するために、FSHD分子試験の簡単なアプローチを開発することでした。 方法と結果：方法は次のとおりです。（i）ディップスティック形式のマルチプレックスアッセイによる一般的な4QAおよび10QAサブテロメアハプロタイプの視覚的なジェノタイピング。（ii）Tri-Primer PCRによるD4Z4契約対立遺伝子の4QA161ハプロタイプの検出。（iii）Plam領域でのPAS SNPの検出Tri-Primer PCRによる最初の近位D4Z4ユニットでのG> C SNP。この方法は、一般的な4Qおよび10Qハプロタイプ、3つのFSHDファミリーのサンプル、36の無関係な発端者、ギリシャ起源の38人のコントロール個体を表すモノアレンシス源からのDNAを分析することにより評価されました。 結論：提案された方法は、FSHDテストに非常に便利なツールである可能性があり、臨床診断研究所とより広いFSHDコミュニティがよりアクセスしやすくなります。

BACKGROUND: Facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD) is characterized by complex genetics linked to DNA rearrangements in a polymorphic genomic region of tandemly repeated D4Z4 segments. A panel of FSHD biomarkers including contracted D4Z4 array repeat combined with the 4qA(159/161/168)PAS haplotype has been proposed as molecular signature for defining alleles causally related to FSHD. The aim of the present study was to develop a simple approach for FSHD molecular testing in order to extend studies related to the applicability of FSHD molecular signature in Greek population. METHODS AND RESULTS: The method comprises: (i) visual genotyping of the common 4qA and 10qA subtelomeric haplotypes by a multiplex assay in a dipstick format. (ii) Detection of 4qA161 haplotype in D4Z4 contracted alleles by tri-primer PCR. (iii) Detection of PAS SNP in PLAM region and G>C SNP in the first proximal D4Z4 unit by tri-primer PCR. The method was evaluated by analysing DNA from monoallelic sources representing common 4q and 10q haplotypes, samples from 3 FSHD families, 36 unrelated probands and 38 control individuals of Greek origin. CONCLUSIONS: The proposed method could be a very useful tool for FSHD testing making it more accessible to clinical diagnostic laboratories and the wider FSHD community.