有機金属化合物のタンパク質への結合のためのタンパク質リガンドドッキングの評価

有機金属化合物は、医薬品開発プロジェクトの分子足場としてますます使用されています。それらの構造的および電子的特性は、タンパク質リガンド補完性の新しい機会を提供します。興味深いことに、タンパク質リガンドのドッキングは長い間、コンピューター支援薬物設計の先頭に立っていますが、有機金属化合物での使用のためにベンチマークや最適化は行われていません。金属媒介認識プロセスをモデル化する努力を追求して、ここでは、プログラムゴールドの能力に関する体系的な研究を提示して、有機金属化合物とのタンパク質の相互作用を予測します。この研究は、金属の最初の配位分野の変更が結合時に発生しない不活性システムに焦点を当てています。いくつかの足場は、異なるドッキングスキームとスコアリング機能を備えたテストシステムとして使用されます。ChemScoreは、ASPとChemPLPも良好な結果を提供し、GoldScoreがわずかにパフォーマンスを提供する最も堅牢なスコアリング機能であると結論付けています。この研究は、現在の最先端のタンパク質リガンドドッキング技術が、タンパク質に結合する不活性有機金属化合物のドッキングに対して信頼できることを示しています。

Organometallic compounds are increasingly used as molecular scaffolds in drug development projects; their structural and electronic properties offering novel opportunities in protein-ligand complementarities. Interestingly, while protein-ligand dockings have long become a spearhead in computer assisted drug design, no benchmarking nor optimization have been done for their use with organometallic compounds. Pursuing our efforts to model metal mediated recognition processes, we herein present a systematic study of the capabilities of the program GOLD to predict the interactions of protein with organometallic compounds. The study focuses on inert systems for which no alteration of the first coordination sphere of the metal occurs upon binding. Several scaffolds are used as test systems with different docking schemes and scoring functions. We conclude that ChemScore is the most robust scoring function with ASP and ChemPLP providing with good results too and GoldScore slightly underperforming. This study shows that current state-of-the-art protein-ligand docking techniques are reliable for the docking of inert organometallic compounds binding to protein.