CAPR：CLIP-seqデータを使用したRNA結合タンパク質標的認識の構造特異性を明らかにする

RNA結合タンパク質（RBP）は、特定のRNA配列と構造コンテキストを認識することにより、標的RNA分子に結合します。Clip-seqおよび関連プロトコルの開発により、RBPに結合するRNAフラグメントを徹底的に識別することが可能になりました。ただし、これらのデータを使用してRBP-RNA相互作用の構造特異性を明らかにするための効率的なバイオインフォマティクス法は存在しません。各RNA塩基位置が各二次構造コンテキスト内に配置される確率を計算する効率的なアルゴリズムであるCAPRを提示します。CAPRを使用して、いくつかのRBPが特定の構造コンテキストの下で標的RNA分子に結合することを示します。CAPRはhttps://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/caprで入手できます。

RNA-binding proteins (RBPs) bind to their target RNA molecules by recognizing specific RNA sequences and structural contexts. The development of CLIP-seq and related protocols has made it possible to exhaustively identify RNA fragments that bind to RBPs. However, no efficient bioinformatics method exists to reveal the structural specificities of RBP-RNA interactions using these data. We present CapR, an efficient algorithm that calculates the probability that each RNA base position is located within each secondary structural context. Using CapR, we demonstrate that several RBPs bind to their target RNA molecules under specific structural contexts. CapR is available at https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr.