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β-グロビン遺伝子の遺伝子座コントロール領域（LCR）のHS4領域（LCR）にある単一ヌクレオチド多型（SNP）（A→G）部位に示された構造多型に関する以前の研究により、ヘアピン→A→B類のDNAトランジションに対応するデュプレックス均衡が確立されています（kaushik m、r。Kukleic Acids Res。A→g SNPのg-alleleは、β-サラセミアの発生と有意に関連していることが示されています。この11 ntの長いquasi-palindromicシーケンスの重要性を考慮して[5'-tgggg（g/a）cccca;β-グロビン遺伝子LCRのHP（G/A）11]は、さまざまな生物物理学的および生化学的技術を使用して、RNA対応物を使用した同じDNA配列の微分挙動をさらに調査しました。A→B構造遷移を示すDNAの対応物とは対照的に、二重鎖とヘアピン形式の間の平衡、研究されたRNAオリゴヌクレオチド配列[5'-ugggg（g/a）CCCCA;RHP（g/a）11]は二重形（a conformation）でのみ存在し、ヘアピンを形成しませんでした。AからGへの単一残基の違いにより、研究された配列によって形成されるRNA構造の異常な熱安定性が生じました。自然に発生する突然変異とさまざまなSNP部位は、局所DNA/RNA二次構造を安定化または不安定にする可能性があるため、これらの構造遷移は、タンパク質DNA認識パターンの変化により遺伝子発現に影響を与える可能性があります。
β-グロビン遺伝子の遺伝子座コントロール領域（LCR）のHS4領域（LCR）にある単一ヌクレオチド多型（SNP）（A→G）部位に示された構造多型に関する以前の研究により、ヘアピン→A→B類のDNAトランジションに対応するデュプレックス均衡が確立されています（kaushik m、r。Kukleic Acids Res。A→g SNPのg-alleleは、β-サラセミアの発生と有意に関連していることが示されています。この11 ntの長いquasi-palindromicシーケンスの重要性を考慮して[5'-tgggg（g/a）cccca;β-グロビン遺伝子LCRのHP（G/A）11]は、さまざまな生物物理学的および生化学的技術を使用して、RNA対応物を使用した同じDNA配列の微分挙動をさらに調査しました。A→B構造遷移を示すDNAの対応物とは対照的に、二重鎖とヘアピン形式の間の平衡、研究されたRNAオリゴヌクレオチド配列[5'-ugggg（g/a）CCCCA;RHP（g/a）11]は二重形（a conformation）でのみ存在し、ヘアピンを形成しませんでした。AからGへの単一残基の違いにより、研究された配列によって形成されるRNA構造の異常な熱安定性が生じました。自然に発生する突然変異とさまざまなSNP部位は、局所DNA/RNA二次構造を安定化または不安定にする可能性があるため、これらの構造遷移は、タンパク質DNA認識パターンの変化により遺伝子発現に影響を与える可能性があります。
Our previous work on structural polymorphism shown at a single nucleotide polymorphism (SNP) (A → G) site located on HS4 region of locus control region (LCR) of β-globin gene has established a hairpin → duplex equilibrium corresponding to A → B like DNA transition (Kaushik M, Kukreti, R., Grover, D., Brahmachari, S.K. and Kukreti S. Nucleic Acids Res. 2003; Kaushik M, Kukreti S. Nucleic Acids Res. 2006). The G-allele of A → G SNP has been shown to be significantly associated with the occurrence of β-thalassemia. Considering the significance of this 11-nt long quasi-palindromic sequence [5'-TGGGG(G/A)CCCCA; HP(G/A)11] of β-globin gene LCR, we further explored the differential behavior of the same DNA sequence with its RNA counterpart, using various biophysical and biochemical techniques. In contrast to its DNA counterpart exhibiting a A → B structural transition and an equilibrium between duplex and hairpin forms, the studied RNA oligonucleotide sequence [5'-UGGGG(G/A)CCCCA; RHP(G/A)11] existed only in duplex form (A-conformation) and did not form hairpin. The single residue difference from A to G led to the unusual thermal stability of the RNA structure formed by the studied sequence. Since, naturally occurring mutations and various SNP sites may stabilize or destabilize the local DNA/RNA secondary structures, these structural transitions may affect the gene expression by a change in the protein-DNA recognition patterns.
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