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カリフラワーモザイクウイルス（CAMV）は、二本鎖DNAゲノムを備えた植物パラレトロウイルスです。これは、カリモビリダ科のカリモウイルス属のタイプメンバーです。CAMVは、SAPの接種によって、自然界ではアブラムシによって半透明な方法で送信されます。CAMVの移動と進化のパターンとタイムスケールを調査するために、ギリシャ、イラン、トルコ、および日本で収集されたCAMVの67個の分離株のゲノムを、9つの公開されたシーケンスとともに配列と分析しました。ゲノムのオープンリーディングフレーム（ORF）を特定し、それらの系統発生を推測しました。組換え配列を除去した後、ウイルス集団の置換率、発散時間、および系統地理学的パターンを推定しました。再結合はCAMV進化の一般的な特徴であり、ORFS I-VがORF VIとは異なる進化史を持っていることがわかりました。ORFは、RNAまたはssDNAゲノムを備えたウイルスのものと同様に、1.71〜5.81×10（-4）の置換/年/年の間の速度で進化しています。4つの地理的に閉じ込められた系統が見つかりました。CAMVは、おそらく400〜500年前に1つの人口から世界の他の地域に広がり、現在はユーラシア諸国に広く分布しています。我々の結果は、トルコの個体群とその近隣諸国の集団間の頻繁な遺伝子流の証拠を明らかにし、日本と米国でも同様のパターンが観察されました。私たちの研究は、植物のパラレトロウイルスの空間的および時間的広がりに関する最初の報告を表しています。
カリフラワーモザイクウイルス（CAMV）は、二本鎖DNAゲノムを備えた植物パラレトロウイルスです。これは、カリモビリダ科のカリモウイルス属のタイプメンバーです。CAMVは、SAPの接種によって、自然界ではアブラムシによって半透明な方法で送信されます。CAMVの移動と進化のパターンとタイムスケールを調査するために、ギリシャ、イラン、トルコ、および日本で収集されたCAMVの67個の分離株のゲノムを、9つの公開されたシーケンスとともに配列と分析しました。ゲノムのオープンリーディングフレーム（ORF）を特定し、それらの系統発生を推測しました。組換え配列を除去した後、ウイルス集団の置換率、発散時間、および系統地理学的パターンを推定しました。再結合はCAMV進化の一般的な特徴であり、ORFS I-VがORF VIとは異なる進化史を持っていることがわかりました。ORFは、RNAまたはssDNAゲノムを備えたウイルスのものと同様に、1.71〜5.81×10（-4）の置換/年/年の間の速度で進化しています。4つの地理的に閉じ込められた系統が見つかりました。CAMVは、おそらく400〜500年前に1つの人口から世界の他の地域に広がり、現在はユーラシア諸国に広く分布しています。我々の結果は、トルコの個体群とその近隣諸国の集団間の頻繁な遺伝子流の証拠を明らかにし、日本と米国でも同様のパターンが観察されました。私たちの研究は、植物のパラレトロウイルスの空間的および時間的広がりに関する最初の報告を表しています。
Cauliflower mosaic virus (CaMV) is a plant pararetrovirus with a double-stranded DNA genome. It is the type member of the genus Caulimovirus in the family Caulimoviridae. CaMV is transmitted by sap inoculation and in nature by aphids in a semi-persistent manner. To investigate the patterns and timescale of CaMV migration and evolution, we sequenced and analyzed the genomes of 67 isolates of CaMV collected mostly in Greece, Iran, Turkey, and Japan together with nine published sequences. We identified the open-reading frames (ORFs) in the genomes and inferred their phylogeny. After removing recombinant sequences, we estimated the substitution rates, divergence times, and phylogeographic patterns of the virus populations. We found that recombination has been a common feature of CaMV evolution, and that ORFs I-V have a different evolutionary history from ORF VI. The ORFs have evolved at rates between 1.71 and 5.81×10(-4) substitutions/site/year, similar to those of viruses with RNA or ssDNA genomes. We found four geographically confined lineages. CaMV probably spread from a single population to other parts of the world around 400-500 years ago, and is now widely distributed among Eurasian countries. Our results revealed evidence of frequent gene flow between populations in Turkey and those of its neighboring countries, with similar patterns observed for Japan and the USA. Our study represents the first report on the spatial and temporal spread of a plant pararetrovirus.
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