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窒素固定生物の進化と生態学の分析を容易にする窒素酵素遺伝子配列データベースについて説明します。データベースには、系統樹と関連する配列メタデータにリンクされた32 954の整列ニトロゲナーゼNIFH配列が含まれています。データベースには、フルレングスNIFH、NIFD、NIFK、および16SリボソームRNA（RRNA）遺伝子配列を含む185のリンクされたマルチゲンエントリが含まれます。マルチギンエントリによって可能になった進化分析は、古細菌と細菌の間のニトロゲナーゼ遺伝子の古代の水平移動をサポートし、NIFHがNIFDK酵素コアからの水平遺伝子移動の異なる歴史を持っているという証拠を提供します。さらなる分析により、ニトロゲナーゼクラスターIとクラスターIIIの系統はNIFD内で異なる置換速度を持っていることを示しており、NIFDがこれら2つの系統で異なる選択圧力にさらされていることを示唆しています。最後に、NIFHおよび16S rRNA遺伝子の遺伝的発散は、微生物種を定義するために一般的に使用される配列相互類似性の値でよく相関しないことがわかります。ニフで。NIFHデータベースには、系統学的および進化的分析、プライマー/プローブの設計と評価、ニトロゲナーゼ配列の多様性の評価など、多くの用途があります。データベースURL：http：//www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm。
窒素固定生物の進化と生態学の分析を容易にする窒素酵素遺伝子配列データベースについて説明します。データベースには、系統樹と関連する配列メタデータにリンクされた32 954の整列ニトロゲナーゼNIFH配列が含まれています。データベースには、フルレングスNIFH、NIFD、NIFK、および16SリボソームRNA（RRNA）遺伝子配列を含む185のリンクされたマルチゲンエントリが含まれます。マルチギンエントリによって可能になった進化分析は、古細菌と細菌の間のニトロゲナーゼ遺伝子の古代の水平移動をサポートし、NIFHがNIFDK酵素コアからの水平遺伝子移動の異なる歴史を持っているという証拠を提供します。さらなる分析により、ニトロゲナーゼクラスターIとクラスターIIIの系統はNIFD内で異なる置換速度を持っていることを示しており、NIFDがこれら2つの系統で異なる選択圧力にさらされていることを示唆しています。最後に、NIFHおよび16S rRNA遺伝子の遺伝的発散は、微生物種を定義するために一般的に使用される配列相互類似性の値でよく相関しないことがわかります。ニフで。NIFHデータベースには、系統学的および進化的分析、プライマー/プローブの設計と評価、ニトロゲナーゼ配列の多様性の評価など、多くの用途があります。データベースURL：http：//www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm。
We describe a nitrogenase gene sequence database that facilitates analysis of the evolution and ecology of nitrogen-fixing organisms. The database contains 32 954 aligned nitrogenase nifH sequences linked to phylogenetic trees and associated sequence metadata. The database includes 185 linked multigene entries including full-length nifH, nifD, nifK and 16S ribosomal RNA (rRNA) gene sequences. Evolutionary analyses enabled by the multigene entries support an ancient horizontal transfer of nitrogenase genes between Archaea and Bacteria and provide evidence that nifH has a different history of horizontal gene transfer from the nifDK enzyme core. Further analyses show that lineages in nitrogenase cluster I and cluster III have different rates of substitution within nifD, suggesting that nifD is under different selection pressure in these two lineages. Finally, we find that that the genetic divergence of nifH and 16S rRNA genes does not correlate well at sequence dissimilarity values used commonly to define microbial species, as stains having <3% sequence dissimilarity in their 16S rRNA genes can have up to 23% dissimilarity in nifH. The nifH database has a number of uses including phylogenetic and evolutionary analyses, the design and assessment of primers/probes and the evaluation of nitrogenase sequence diversity. Database URL: http://www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm.
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