生物医学の画像文献からの数字の注釈：Radlexおよびその他の標準化された語彙の比較分析

根拠と目的：Radlexは、放射線学の臨床診療、研究、教育のために開発された標準化された語彙です。このレポートは、Radlexの使用を分析して、ピアレビューされた生物医学文献からの画像のキャプションを注釈および索引付けし、Radlexおよび5つの他の生物医学的オントロジーの1つあたりの注釈の数を、生物医学イメージングからのフィギュアキャプションの大規模なコーパスの比較しようとしました。出版物。 材料と方法：Radlexと他の5つの生物医学語彙が評価されました。完全に自動化されたWebサービスを使用して、613のピアレビューされた生物医学ジャーナルからの385,018のフィギュアキャプションのコレクションで語彙の用語を発見しました。注釈（つまり、図タームペア）は、語彙によって分析されました。Radlexアノテーションは、JournalおよびRadlex用語のクラスによって分析されました。 結果：Radlexには、6つの語彙のうち、1つの語彙あたりの注釈が最も多くありました。平均して、数値ごとに10.1のRadlexアノテーションがありました。380,338の数値（98.8％）に少なくとも1つのRadlex項が注釈され、288,163の数値（74.8％）に6つ以上のRadlex項が注釈が付けられました。39,218のRadlex項のうち、8504（21.7％）がコレクション内の画像にマッピングされました。これは、語彙の中で最も高い割合でした。 結論：他の語彙よりも4〜10倍少ない用語で構成されていますが、Radlexは放射線学中心のインデックス作成において優れたパフォーマンスを示しました。ピアレビューされた生物医学ジャーナルの数字の大規模なコレクションのほとんどすべての画像には、少なくとも1つのRadlex項が注釈され、画像のほぼ75％に6つ以上の用語が注釈が付けられました。

RATIONALE AND OBJECTIVES: RadLex is a standardized vocabulary developed for clinical practice, research, and education in radiology. This report sought to analyze the use of RadLex to annotate and index the captions of images from the peer-reviewed biomedical literature and to compare the number of annotations per term for RadLex and five other biomedical ontologies in a large corpus of figure captions from biomedical imaging publications. MATERIALS AND METHODS: RadLex and five other biomedical vocabularies were evaluated. A fully automated web service was used to discover the vocabularies' terms in a collection of 385,018 figure captions from 613 peer-reviewed biomedical journals. Annotations (i.e., figure-term pairs) were analyzed by vocabulary. RadLex annotations were analyzed by journal and RadLex term class. RESULTS: RadLex had the greatest number of annotations per term of the six vocabularies. On average, there were 10.1 RadLex annotations per figure; 380,338 figures (98.8%) were annotated with at least one RadLex term and 288,163 figures (74.8%) were annotated with six or more RadLex terms. Of 39,218 RadLex terms, 8504 (21.7%) were mapped to images in the collection, which was the highest percentage of any of the vocabularies. CONCLUSIONS: Although comprising four to 10 times fewer terms than other vocabularies, RadLex showed excellent performance in indexing radiology-centric content. Almost all of the images in a large collection of figures from peer-reviewed biomedical journals were annotated with at least one RadLex term, and almost 75% of the images were annotated with six or more terms.