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2011年に日本の沖縄県で、大きな急性出血性結膜炎（AHC）の発生が発生しました。Coxsacksackiemievirusグループの10株A型24バリアント（CA24V）は、AHCの患者から分離され、VP1、VP1、3C（Pro）、3D（POL）コード領域の完全な配列分析が行われました。時間規模の進化を評価するために、ベイジアンマルコフチェーンモンテカルロ法を使用して系統発生分析を実施しました。さらに、類似性プロットが構築され、ペアワイズ距離（P距離）と陽圧分析が行われました。VP1コーディング領域に基づく系統樹は、現在の株が遺伝子型4（G4）に属することを示しました。さらに、現在の株は、中国、インド、オーストラリアなどの他の国で検出されたのと同じ系統から2010年頃に分割された可能性があります。4つのコーディング領域の分子進化の平均速度は、約6.15〜7.86×10（-3）の置換/サイト/年と推定されました。類似性プロット分析では、現在の株とプロトタイプ株（EH24/70株）の間のヌクレオチドの類似性が0.77-0.94であることが示唆されました。現在の株のp距離は比較的短かった（<0.01）。VP1タンパク質で特定された陽性選択部位（L25H）のみが識別されました。これらの発見は、AHCを引き起こす現在のCA24V株が、急速な進化を伴う他のAHC株と遺伝的に関連しており、2010年頃に出現したことを示唆しています。
2011年に日本の沖縄県で、大きな急性出血性結膜炎（AHC）の発生が発生しました。Coxsacksackiemievirusグループの10株A型24バリアント（CA24V）は、AHCの患者から分離され、VP1、VP1、3C（Pro）、3D（POL）コード領域の完全な配列分析が行われました。時間規模の進化を評価するために、ベイジアンマルコフチェーンモンテカルロ法を使用して系統発生分析を実施しました。さらに、類似性プロットが構築され、ペアワイズ距離（P距離）と陽圧分析が行われました。VP1コーディング領域に基づく系統樹は、現在の株が遺伝子型4（G4）に属することを示しました。さらに、現在の株は、中国、インド、オーストラリアなどの他の国で検出されたのと同じ系統から2010年頃に分割された可能性があります。4つのコーディング領域の分子進化の平均速度は、約6.15〜7.86×10（-3）の置換/サイト/年と推定されました。類似性プロット分析では、現在の株とプロトタイプ株（EH24/70株）の間のヌクレオチドの類似性が0.77-0.94であることが示唆されました。現在の株のp距離は比較的短かった（<0.01）。VP1タンパク質で特定された陽性選択部位（L25H）のみが識別されました。これらの発見は、AHCを引き起こす現在のCA24V株が、急速な進化を伴う他のAHC株と遺伝的に関連しており、2010年頃に出現したことを示唆しています。
A large acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC) outbreak occurred in 2011 in Okinawa Prefecture in Japan. Ten strains of coxsackievirus group A type 24 variant (CA24v) were isolated from patients with AHC and full sequence analysis of the VP3, VP1, 3C(pro) and 3D(pol) coding regions performed. To assess time-scale evolution, phylogenetic analysis was performed using the Bayesian Markov chain Monte Carlo method. In addition, similarity plots were constructed and pairwise distance (p-distance) and positive pressure analyses performed. A phylogenetic tree based on the VP1 coding region showed that the present strains belong to genotype 4 (G4). In addition, the present strains could have divided in about 2010 from the same lineages detected in other countries such as China, India and Australia. The mean rates of molecular evolution of four coding regions were estimated at about 6.15 to 7.86 × 10(-3) substitutions/site/year. Similarity plot analyses suggested that nucleotide similarities between the present strains and a prototype strain (EH24/70 strain) were 0.77-0.94. The p-distance of the present strains was relatively short (<0.01). Only one positive selected site (L25H) was identified in the VP1 protein. These findings suggest that the present CA24v strains causing AHC are genetically related to other AHC strains with rapid evolution and emerged in around 2010.
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