一本鎖DNAスプリント媒介ライゲーションアッセイ（SPAT）の感度と精度の向上により、発達的に調節されたmRNAのポリ（a）テール長ダイナミクスが明らかになります

ポリ（a）尾の長さは、特に発達システムにおけるmRNAの翻訳性と安定性の読み取りです。ポリアデニル化試験（PAT）アッセイは、実験的関心のあるRNAの平均ポリ（a）尾の長さを迅速に測定しようとします。ここでは、DNAスプリントを使用してmRNAのポリ（a）テールへのRNAタグのライゲーションを支援する手順であるスプリントを介したPATを紹介します。EPATを含む他のPAT方法論と比較して、SPATは低積分mRNAに非常に敏感であり、ポリ（a）テール分布のより正確なプロファイルを提供し、出発材料はほとんど必要ありません。その強度を実証するために、定義されたポリ（a）合成mRNAの尾のスパットを較正し、確立されたモデル生物からの既知のmRNAの発達的に調節されたポリ（a）尾の長さの変化を再評価し、それを新興の進化的発達線虫モデルのPristionchus pacificusに拡張しました。最後に、SPATを使用して、2つの細胞質ポリ（A）ポリメラーゼGLD-2およびGLD-4およびデッドエニラーゼCCR-4の寄与を分析し、翻訳的に制御された腫瘍抑制をコードするcaenorhabditis elegans GLD-1 mRNAに分析します（ポリ（a）尾の長さの測定はとらえどころのないことが証明されました。

Poly(A) tail length is a readout of an mRNA's translatability and stability, especially in developmental systems. PolyAdenylation Test (PAT) assays attempt to quickly measure the average poly(A) tail length of RNAs of experimental interest. Here we present sPAT, splint-mediated PAT, a procedure that uses a DNA splint to aid in the ligation of an RNA-tag to the poly(A) tail of an mRNA. In comparison to other PAT methodologies, including ePAT, sPAT is highly sensitive to low-abundance mRNAs, gives a more accurate profile of the poly(A) tail distribution, and requires little starting material. To demonstrate its strength, we calibrated sPAT on defined poly(A) tails of synthetic mRNAs, reassessed developmentally regulated poly(A) tail-length changes of known mRNAs from established model organisms, and extended it to the emerging evolutionary developmental nematode model Pristionchus pacificus. Lastly, we used sPAT to analyze the contribution of the two cytoplasmic poly(A) polymerases GLD-2 and GLD-4, and the deadenylase CCR-4, onto Caenorhabditis elegans gld-1 mRNA that encodes a translationally controlled tumor suppressor whose poly(A) tail length measurement proved elusive.