Pseudomarker 20：Nomadを使用した尤度の効率的な計算

背景：Pseudomarkerは、マーカーと推定疾患の遺伝子座の間の共同リンケージとリンケージの不均衡分析を実行するソフトウェアパッケージです。Pseudomarkerの重要な特徴は、さまざまな構造の症例対照と血統を単一の統一分析に組み合わせることができることです。したがって、マーカー対立遺伝子頻度または疾患および組換え分率の条件付き対立遺伝子頻度を超えるデータの完全な可能性を最大化します。 結果：新しいバージョン2.0は、ソフトウェアパッケージNOMADを使用して尤度を最大化するため、一般的に同等またはより良いオプティマを実現し、尤度関数の評価がはるかに少なくなります。 結論：最新の最適化方法を使用するために大幅に変更された後、Pseudomarkerバージョン2.0はバージョン1.0よりも堅牢で大幅に高速です。Nomadは、複雑な尤度関数が最適化されている他のバイオインフォマティクスの問題に役立つ可能性があります。

BACKGROUND: PSEUDOMARKER is a software package that performs joint linkage and linkage disequilibrium analysis between a marker and a putative disease locus. A key feature of PSEUDOMARKER is that it can combine case-controls and pedigrees of varying structure into a single unified analysis. Thus it maximizes the full likelihood of the data over marker allele frequencies or conditional allele frequencies on disease and recombination fraction. RESULTS: The new version 2.0 uses the software package NOMAD to maximize likelihoods, resulting in generally comparable or better optima with many fewer evaluations of the likelihood functions. CONCLUSIONS: After being modified substantially to use modern optimization methods, PSEUDOMARKER version 2.0 is more robust and substantially faster than version 1.0. NOMAD may be useful in other bioinformatics problems where complex likelihood functions are optimized.