ヒトパピローマウイルス型154およびガンマパピロマウイルスの組織熱帯の特性評価

新しいヒトパピローマウイルス型154（HPV154）は、3歳の少年のクレナアニのいぼから特徴付けられました。以前は、サブジェノミックFAPアンプリコンのシーケンスにより、推定HPVタイプFADI3として指定されていました。ローリングサークル増幅（RCA）、リゲーション媒介PCR（DIPS-PCR）、長距離PCR、最後に4つの4つのクローンによる統合されたパピロマウイルス配列の検出のための調整された方法を順調に進むゲノムを含む組み合わせた方法により、完全なゲノムを取得しました。オーバーラップアンプリコン。系統発生的には、HPV154ゲノムは提案された種Gammapapillomavirus 11のメンバーと一緒にクラスター化し、L1からHPV136（68.6％）で最高の同一性を実証しました。HPV154は、健康な子供の額の皮膚スワブの3％（2/62）で検出されました。さらに、62のギャンマパピロマウイルスの異なる検出部位を要約して、それらの組織トロピズムを分析するために要約されました。これらのHPVタイプのいくつかは、皮膚、口腔、鼻、性器などの複数の供給源から検出されており、ガンマパピロマウイルスは以前に評価されたよりも広い組織トロピズムを持つジェネラリストであることを示唆しています。この研究では、急速に成長しているガンマパピロマウイルス属のHPVタイプの遺伝的多様性と熱帯に関する現在の知識を拡大しています。

The novel human papillomavirus type 154 (HPV154) was characterized from a wart on the crena ani of a three-year-old boy. It was previously designated as the putative HPV type FADI3 by sequencing of a subgenomic FAP amplicon. We obtained the complete genome by combined methods including rolling circle amplification (RCA), genome walking through an adapted method for detection of integrated papillomavirus sequences by ligation-mediated PCR (DIPS-PCR), long-range PCR, and finally by cloning of four overlapping amplicons. Phylogenetically, the HPV154 genome clustered together with members of the proposed species Gammapapillomavirus 11, and demonstrated the highest identity in L1 to HPV136 (68.6%). The HPV154 was detected in 3% (2/62) of forehead skin swabs from healthy children. In addition, the different detection sites of 62 gammapapillomaviruses were summarized in order to analyze their tissue tropism. Several of these HPV types have been detected from multiple sources such as skin, oral, nasal, and genital sites, suggesting that the gammapapillomaviruses are generalists with a broader tissue tropism than previously appreciated. The study expands current knowledge concerning genetic diversity and tropism among HPV types in the rapidly growing gammapapillomavirus genus.