テールセック：ポリ（a）尾の長さと3 '末端の修飾のゲノム全体の測定

遺伝子調節における重要性にもかかわらず、mRNAの3 '四肢（3'-ターミノーム）のグローバルな調査は、ホモポリマー配列とmRNAの相対的な不足に関連する技術的課題のために実行可能ではありませんでした。ここでは、mRNA分子のまさに端をシーケンスする方法であるテールセックを開発します。テールセックにより、ゲノムスケールでポリ（a）テールの長さを測定できます。中央値ポリ（A）長さは、HELAおよびNIH 3T3細胞で50〜100 ntです。ポリ（a）の長さはmRNAの半減期と相関しますが、翻訳効率とは相関していません。驚くべきことに、ポリ（a）尾の下流で広範囲にわたるウリジル化とグアニル化を発見します。U尾は一般に短いポリ（a）テール（<25 nt）に取り付けられていますが、G尾は主に長いポリ（a）テール（> 40 nt）に見られ、mRNA安定性制御における一般的な役割を暗示しています。Tail-seqは、mRNA離職と翻訳制御の動的制御を分析し、RNA切断と尾部の予期せぬ特徴を発見するための強力なツールです。

Global investigation of the 3' extremity of mRNA (3'-terminome), despite its importance in gene regulation, has not been feasible due to technical challenges associated with homopolymeric sequences and relative paucity of mRNA. We here develop a method, TAIL-seq, to sequence the very end of mRNA molecules. TAIL-seq allows us to measure poly(A) tail length at the genomic scale. Median poly(A) length is 50-100 nt in HeLa and NIH 3T3 cells. Poly(A) length correlates with mRNA half-life, but not with translational efficiency. Surprisingly, we discover widespread uridylation and guanylation at the downstream of poly(A) tail. The U tails are generally attached to short poly(A) tails (<25 nt), while the G tails are found mainly on longer poly(A) tails (>40 nt), implicating their generic roles in mRNA stability control. TAIL-seq is a potent tool to dissect dynamic control of mRNA turnover and translational control, and to discover unforeseen features of RNA cleavage and tailing.