ラングリングギャラクシーの参照データ

無効：Galaxyプラットフォームは、再現可能なデータ分析を可能にするために起源を本質的に獲得し、自分のサーバーを実行することを簡単にするという目標とともに、完全に機能するコラボレーションワークベンチに発展しました。ただし、多くのGalaxyプラットフォームツールは、アラインメントインデックスなどの参照データの存在に依存して、効率的に機能します。これまで、Galaxyのこのデータのキャッシュの構築は、再現性と出所を欠くエラーが発生しやすいマニュアルプロセスでした。Galaxy Data Managerフレームワークは、Galaxyの組み込みデータキャッシュの管理を手動で自動化されたグラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）駆動型プロセスに変更する強化です。ツール。データマネージャーツールを使用すると、Galaxy管理者は、あらゆるタイプの参照データの追加データセットをリアルタイムでダウンロード、作成、インストールできます。 可用性と実装：Galaxy Data ManagerフレームワークはPythonで実装されており、Core Galaxyプラットフォームの一部として統合されています。個々のデータマネージャーツールは、ローカルで定義するか、ツールシェッドからインストールでき、Galaxyコミュニティは必要に応じて追加のデータマネージャーツールを定義できるようにし、フルバージョンと依存関係のサポートを実現できます。

UNLABELLED: The Galaxy platform has developed into a fully featured collaborative workbench, with goals of inherently capturing provenance to enable reproducible data analysis, and of making it straightforward to run one's own server. However, many Galaxy platform tools rely on the presence of reference data, such as alignment indexes, to function efficiently. Until now, the building of this cache of data for Galaxy has been an error-prone manual process lacking reproducibility and provenance. The Galaxy Data Manager framework is an enhancement that changes the management of Galaxy's built-in data cache from a manual procedure to an automated graphical user interface (GUI) driven process, which contains the same openness, reproducibility and provenance that is afforded to Galaxy's analysis tools. Data Manager tools allow the Galaxy administrator to download, create and install additional datasets for any type of reference data in real time. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The Galaxy Data Manager framework is implemented in Python and has been integrated as part of the core Galaxy platform. Individual Data Manager tools can be defined locally or installed from a ToolShed, allowing the Galaxy community to define additional Data Manager tools as needed, with full versioning and dependency support.