ボトムアッププロテオミクス分析のためのサスペンショントラップ（ストラップ）サンプル調製方法

ボトムアッププロテオミクスの最近の開発にもかかわらず、特に低タンパク質量に適用される場合、包括的なサンプル処理のための高速で複雑でない、堅牢な方法で必要性は存在します。サスペンショントラッピング方法は、効率的なSDSベースのタンパク質抽出の利点と、急速な洗剤除去、反応器型タンパク質消化、およびペプチドクリーンアップを組み合わせています。タンパク質はSDSで可溶化されます。サンプルは酸性化され、中性pHメタノール溶液で満たされた深度フィルターと疎水性コンパートメントを組み込んだサスペンショントラップ先端に導入されます。即座に形成された細かいタンパク質懸濁液は、深さフィルタースタックに閉じ込められています - この重要なステップは、粒子物質の空間を分離することを目的としています。SDSおよびその他の汚染物質がフロースルーで除去され、プロテアーゼが導入されます。消化に続いて、ペプチドは先端の疎水性部分を使用してきれいになります。この方法により、タンパク質の負荷を低マイクログラム/サブミクログラムレベルまで処理できます。界面活性剤の除去には約5分かかりますが、細胞溶解物のトリプティックタンパク質溶解はわずか30分で完了します。細胞溶解物、濃縮膜調製、免疫沈降の分析方法をうまく利用しました。その堅牢性とシンプルさにより、この方法は不可欠なプロテオミクスツールになると予想しています。

Despite recent developments in bottom-up proteomics, the need still exists in a fast, uncomplicated, and robust method for comprehensive sample processing especially when applied to low protein amounts. The suspension trapping method combines the advantage of efficient SDS-based protein extraction with rapid detergent removal, reactor-type protein digestion, and peptide cleanup. Proteins are solubilized in SDS. The sample is acidified and introduced into the suspension trapping tip incorporating the depth filter and hydrophobic compartments, filled with the neutral pH methanolic solution. The instantly formed fine protein suspension is trapped in the depth filter stack-this crucial step is aimed at separating the particulate matter in space. SDS and other contaminants are removed in the flow-through, and a protease is introduced. Following the digestion, the peptides are cleaned up using the tip's hydrophobic part. The methodology allows processing of protein loads down to the low microgram/submicrogram levels. The detergent removal takes about 5 min, whereas the tryptic proteolysis of a cellular lysate is complete in as little as 30 min. We have successfully utilized the method for analysis of cellular lysates, enriched membrane preparations, and immunoprecipitates. We expect that due to its robustness and simplicity, the method will become an essential proteomics tool.