SNP投与量情報を使用して、autotetraploidsのQTLマッピング

AutoTetr​​aploidのSNP投与量を分析することで導出された高密度のリンケージマップは、定量的形質遺伝子座の位置と遺伝モデルに関する詳細な情報を提供します。シーケンスおよびジェノタイピング技術の最近の開発により、研究者はマッピング研究のための高密度の単一ヌクレオチド多型（SNP）遺伝子型データを生成することができます。倍数体種の場合、SNP遺伝子型は対立遺伝子の投与量について有益であり、Hackett et al。（PLOS ONE 8：E63939、2013）は、自己溶解種のF1集団のリンケージマップ構築と定量的形質軌跡（QTL）マッピングで剤情報を使用する方法についての理論を提示しました。ここでは、中程度の遺伝率とおそらく非加法効果のシミュレートされた表現型の特性については、剤情報を使用したQTLマッピングが検討されています。さまざまなマッピング戦略が比較され、追加のモデルとより複雑なモデルを検討し、モデルフィッティングは単一のステップまたは繰り返し再重みのモデリングによって検討します。反復的な再重視なしで添加剤モデルを適合させることをお勧めします。そして、遺伝子型の非加法モデルを探索することは、最も可能性の高い位置で推定されることを意味します。この戦略を、190人のF1のじゃがい人口からの高い遺伝性の特性に適用します：花の色、成熟、高さ、抵抗性障害（Phytophthora Infestans（Mont。）De Bary）およびジャガイモ嚢胞線虫（Globodera Pallida）、3839 SNPのマップを使用します。QTL位置のおおよその信頼区間は、詳細なリンケージマップによって改善されており、各QTLの遺伝モデルに関する詳細情報が明らかにされています。報告されたQTLのいくつかについて、候補SNPを特定し、候補特性遺伝子を提案するために使用できます。高いマーカー密度は、大きな効果の遺伝子座の遺伝モデルについて有益であるが、より小さなQTLを検出するにはより大きな集団が必要であると結論付けます。

Dense linkage maps derived by analysing SNP dosage in autotetraploids provide detailed information about the location of, and genetic model at, quantitative trait loci. Recent developments in sequencing and genotyping technologies enable researchers to generate high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotype data for mapping studies. For polyploid species, the SNP genotypes are informative about allele dosage, and Hackett et al. (PLoS ONE 8:e63939, 2013) presented theory about how dosage information can be used in linkage map construction and quantitative trait locus (QTL) mapping for an F1 population in an autotetraploid species. Here, QTL mapping using dosage information is explored for simulated phenotypic traits of moderate heritability and possibly non-additive effects. Different mapping strategies are compared, looking at additive and more complicated models, and model fitting as a single step or by iteratively re-weighted modelling. We recommend fitting an additive model without iterative re-weighting, and then exploring non-additive models for the genotype means estimated at the most likely position. We apply this strategy to re-analyse traits of high heritability from a potato population of 190 F1 individuals: flower colour, maturity, height and resistance to late blight (Phytophthora infestans (Mont.) de Bary) and potato cyst nematode (Globodera pallida), using a map of 3839 SNPs. The approximate confidence intervals for QTL locations have been improved by the detailed linkage map, and more information about the genetic model at each QTL has been revealed. For several of the reported QTLs, candidate SNPs can be identified, and used to propose candidate trait genes. We conclude that the high marker density is informative about the genetic model at loci of large effects, but that larger populations are needed to detect smaller QTLs.