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Hevea Brasiliensis（Willd。ExAdr。Juss。）Muell.-Arg。Amazon Rainforest原産の天然ゴムの主要な供給源です。天然ゴムの特異な特性により、いくつかの用途で使用するために合成ゴムよりも優れており、競合します。ここでは、Illumina Gaiixプラットフォームで179,326,804 Raw Readを生成したIllumina Gaiixプラットフォームで、H。Brasiliensis BarkのRNAシーケンス（RNA-Seq）を実行しました。サイズが400 bpを超える合計50,384のコンティグが得られ、さらなる分析が行われました。非冗長（NR）タンパク質データベースに対する類似性検索は、32,018（63％）の陽性Blastxヒットを返しました。トランスクリプトーム分析には、オルソロググループ（COG）のクラスター、遺伝子オントロジー（GO）、遺伝子およびゲノムの京都百科事典（KEGG）、およびPFAMデータベースを使用して注釈が付けられました。推定分子マーカーの検索を実行して、単純な配列リピート（SSR）および単一ヌクレオチド多型（SNP）を特定しました。合計で、17,927 SSRSと404,114 SNPが検出されました。最後に、SNPマーカーを検証するために、ゴム生合成に関与するメバロン酸（MVA）および2-C-メチル-D-エリトール4-リン酸（MEP）経路に属すると特定された配列を選択しました。H. brasiliensisの36の遺伝子型で合計78のSNPが検証されました。この新しいデータセットは、ゴム樹木樹皮遺伝子の強力な情報源を表し、遺伝的結合マッピング、定量的形質局識、連鎖不均衡の調査、マーカーの調査などの将来の遺伝分析で使用するためのマイクロサテライトおよびSNPマーカーの開発のための重要なツールとなります - アシストされた選択。
Hevea Brasiliensis（Willd。ExAdr。Juss。）Muell.-Arg。Amazon Rainforest原産の天然ゴムの主要な供給源です。天然ゴムの特異な特性により、いくつかの用途で使用するために合成ゴムよりも優れており、競合します。ここでは、Illumina Gaiixプラットフォームで179,326,804 Raw Readを生成したIllumina Gaiixプラットフォームで、H。Brasiliensis BarkのRNAシーケンス（RNA-Seq）を実行しました。サイズが400 bpを超える合計50,384のコンティグが得られ、さらなる分析が行われました。非冗長（NR）タンパク質データベースに対する類似性検索は、32,018（63％）の陽性Blastxヒットを返しました。トランスクリプトーム分析には、オルソロググループ（COG）のクラスター、遺伝子オントロジー（GO）、遺伝子およびゲノムの京都百科事典（KEGG）、およびPFAMデータベースを使用して注釈が付けられました。推定分子マーカーの検索を実行して、単純な配列リピート（SSR）および単一ヌクレオチド多型（SNP）を特定しました。合計で、17,927 SSRSと404,114 SNPが検出されました。最後に、SNPマーカーを検証するために、ゴム生合成に関与するメバロン酸（MVA）および2-C-メチル-D-エリトール4-リン酸（MEP）経路に属すると特定された配列を選択しました。H. brasiliensisの36の遺伝子型で合計78のSNPが検証されました。この新しいデータセットは、ゴム樹木樹皮遺伝子の強力な情報源を表し、遺伝的結合マッピング、定量的形質局識、連鎖不均衡の調査、マーカーの調査などの将来の遺伝分析で使用するためのマイクロサテライトおよびSNPマーカーの開発のための重要なツールとなります - アシストされた選択。
Hevea brasiliensis (Willd. Ex Adr. Juss.) Muell.-Arg. is the primary source of natural rubber that is native to the Amazon rainforest. The singular properties of natural rubber make it superior to and competitive with synthetic rubber for use in several applications. Here, we performed RNA sequencing (RNA-seq) of H. brasiliensis bark on the Illumina GAIIx platform, which generated 179,326,804 raw reads on the Illumina GAIIx platform. A total of 50,384 contigs that were over 400 bp in size were obtained and subjected to further analyses. A similarity search against the non-redundant (nr) protein database returned 32,018 (63%) positive BLASTx hits. The transcriptome analysis was annotated using the clusters of orthologous groups (COG), gene ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), and Pfam databases. A search for putative molecular marker was performed to identify simple sequence repeats (SSRs) and single nucleotide polymorphisms (SNPs). In total, 17,927 SSRs and 404,114 SNPs were detected. Finally, we selected sequences that were identified as belonging to the mevalonate (MVA) and 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathways, which are involved in rubber biosynthesis, to validate the SNP markers. A total of 78 SNPs were validated in 36 genotypes of H. brasiliensis. This new dataset represents a powerful information source for rubber tree bark genes and will be an important tool for the development of microsatellites and SNP markers for use in future genetic analyses such as genetic linkage mapping, quantitative trait loci identification, investigations of linkage disequilibrium and marker-assisted selection.
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