Ori-Finder 2、古細菌ゲノムの複製起源を予測するための統合ツール

DNA複製は、細胞寿命の3つのドメインすべてで最も基本的なプロセスの1つです。ゲノム後の時代の出現により、完全な古細菌ゲノムの数の増加は、in vivo実験とインシリコ分析によって細胞DNA複製を開始するための分子メカニズムの探求の機会を生み出しました。ただし、多くのシーケンスされた古細菌ゲノムにおける複製起点（ORIC）の位置は不明のままです。WebベースのツールOri-Finder 2を提示して、Z-Curveメソッドを使用した基本構成非対称性の分析、FIMOツールによって識別される原点認識ボックスの分布を使用した統合された方法に基づいて、古細菌ゲノムのORICSを自動的に予測することを提示します。そして、遺伝子の発生はしばしばORICに近い。また、Webサーバーは、遺伝子予測パイプラインとBLASTソフトウェアと統合して、遺伝子の識別と関数注釈のためのBLASTソフトウェアと統合することにより、発表されていないゲノム配列を分析することもできます。予測されたORICの結果は、結果をグラフィカルな形式と表形式で閲覧する直感的な方法を提供するHTMLテーブルとして表示されます。ここに示されているソフトウェアは、単一のORICを使用したゲノムの正確なものですが、必ずしも複数のORICを使用してゲノムの複製のすべての起源を見つけるとは限りません。Ori-Finder 2は、Archaeaの複製メカニズムに関する洞察を提供する古細菌ゲノムのORICの識別と分析のための有用なプラットフォームになることを目的としています。Webサーバーは、http://tubic.tju.edu.cn/ori-finder2/で無料で入手できます。

DNA replication is one of the most basic processes in all three domains of cellular life. With the advent of the post-genomic era, the increasing number of complete archaeal genomes has created an opportunity for exploration of the molecular mechanisms for initiating cellular DNA replication by in vivo experiments as well as in silico analysis. However, the location of replication origins (oriCs) in many sequenced archaeal genomes remains unknown. We present a web-based tool Ori-Finder 2 to predict oriCs in the archaeal genomes automatically, based on the integrated method comprising the analysis of base composition asymmetry using the Z-curve method, the distribution of origin recognition boxes identified by FIMO tool, and the occurrence of genes frequently close to oriCs. The web server is also able to analyze the unannotated genome sequences by integrating with gene prediction pipelines and BLAST software for gene identification and function annotation. The result of the predicted oriCs is displayed as an HTML table, which offers an intuitive way to browse the result in graphical and tabular form. The software presented here is accurate for the genomes with single oriC, but it does not necessarily find all the origins of replication for the genomes with multiple oriCs. Ori-Finder 2 aims to become a useful platform for the identification and analysis of oriCs in the archaeal genomes, which would provide insight into the replication mechanisms in archaea. The web server is freely available at http://tubic.tju.edu.cn/Ori-Finder2/.