主要な人間の共生であるStreptococcus salivariusのゲノミクス

連鎖球菌の唾液群は、人間にとって特に重要です。このグループは、遺伝的に類似した3つの種、Streptococcus Salivarius、Streptococcus vestibularis、およびStreptococcus thermophilusで構成されています。S. salivariusとS. fastibularisは、人間の日和見感染を時々引き起こす可能性のある共生生物ですが、S。thermophilusは乳製品生産で広く使用されている食品細菌です。これら3つの種の明確な分離を確認するために、多焦点シーケンスタイピング（MLST）と比較ゲノム分析を開発しました。これらの分析では、S。salivariussensu strictoのヌクレオチド配列の観点から、コアゲノムが約10％分岐する4つの株のサブグループも特定しました。S. Thermophilus種は、農業の発展に伴う最近の出現により、低レベルのヌクレオチドの変動性を示しています。対照的に、ヌクレオチドの変動性は、唾液群グループの他の2種で高く、人間との長年の関連を反映しています。サリバリウス群の種は、最小（S. thermophilusの約1.7 Mb）から最大の範囲（S. salivariusで約2.3 Mb）に及ぶゲノムサイズを持っています。。これらの2つの種にとっては、Thermophilus、および自然でより競争力のあるニッチ。ゲノム含有量の分析により、S。Salivariusのコア遺伝子がゲノムの約3分の2を説明していることを示しており、遺伝子含有量のかなりのばらつきと潜在的な適応特徴の違いを示しています。さらに、この種のゲノムには、表面因子、グリコシルトランスフェラーゼ、反応調節因子をコードする遺伝子が非常に豊富であることを示しました。おそらく自然能力システムと多様なモバイル要素の存在を含む、広範囲にわたる遺伝的交換の証拠が得られました。しかし、研究されたS.サリバリウス株は、いくつかの人体関連部位（消化管、皮膚、母乳、体液のすべてのレベル）から分離され、臨床株を含むが、遺伝的またはゲノム的なニッチ固有の特徴はありません特定のグループを識別するために特定されました。

The salivarius group of streptococci is of particular importance for humans. This group consists of three genetically similar species, Streptococcus salivarius, Streptococcus vestibularis and Streptococcus thermophilus. S. salivarius and S. vestibularis are commensal organisms that may occasionally cause opportunistic infections in humans, whereas S. thermophilus is a food bacterium widely used in dairy production. We developed Multilocus sequence typing (MLST) and comparative genomic analysis to confirm the clear separation of these three species. These analyses also identified a subgroup of four strains, with a core genome diverging by about 10%, in terms of its nucleotide sequence, from that of S. salivarius sensu stricto. S. thermophilus species displays a low level of nucleotide variability, due to its recent emergence with the development of agriculture. By contrast, nucleotide variability is high in the other two species of the salivarius group, reflecting their long-standing association with humans. The species of the salivarius group have genome sizes ranging from the smallest (∼ 1.7 Mb for S. thermophilus) to the largest (∼ 2.3 Mb for S. salivarius) among streptococci, reflecting genome reduction linked to a narrow, nutritionally rich environment for S. thermophilus, and natural, more competitive niches for the other two species. Analyses of genomic content have indicated that the core genes of S. salivarius account for about two thirds of the genome, indicating considerable variability of gene content and differences in potential adaptive features. Furthermore, we showed that the genome of this species is exceptionally rich in genes encoding surface factors, glycosyltransferases and response regulators. Evidence of widespread genetic exchanges was obtained, probably involving a natural competence system and the presence of diverse mobile elements. However, although the S. salivarius strains studied were isolated from several human body-related sites (all levels of the digestive tract, skin, breast milk, and body fluids) and included clinical strains, no genetic or genomic niche-specific features could be identified to discriminate specific group.