赤い沼地ザリガニProcambarus Clarkiiの詳細なトランスクリプトーム分析

赤い沼地のザリガニのプロカンバルス・クラークは、幅広い水生環境に生息する非常に順応性があり、耐性があり、肥沃な淡水ザリガニです。これは、動物の行動、環境ストレス、毒性、ウイルス感染の研究など、多くの研究分野で使用される重要な甲殻類モデル生物です。その広範な使用にもかかわらず、ザリガニのゲノムの知識は非常に限られており、意味のある研究には不十分です。これは、ザリガニのトランスクリプトームを分析するための次世代シーケンス技術の使用です。合計324.97百万個の100塩基対の生の読み取りが生成され、Trinityソフトウェアを使用して合計88,463個の転写産物が組み立てられ、55,278個の非冗長転写産物が生成されました。4つの異なる組織間のデジタル遺伝子発現の比較により、異なる発現遺伝子が明らかになりました。この遺伝子は、他の組織よりも肝膵臓でより多くの過剰発現遺伝子が発見され、他の組織よりも精巣および卵巣でより多くの露出遺伝子が発見されました。差次的に発現した遺伝子の遺伝子オントロジー（GO）およびKEGG濃縮分析により、代謝産物および免疫関連の経路遺伝子が肝孔が濃縮され、DNA複製関連経路遺伝子が卵巣および精巣で濃縮されていることが明らかになりました。代謝、免疫、ストレス反応における肝膵臓の重要な役割、および生殖における卵巣および精巣の役割。また、14個のビテロゲニン転写産物が肝膵臓で特異的に高度に発現され、6個の転写産物が卵巣で特異的に高度に発現されることもわかったが、肝膵臓と卵巣の両方でビテロゲニン転写産物は高度に発現することはなかった。これらの結果は、甲殻類におけるビテロゲニンの役割に関する新しい洞察を提供します。さらに、シーケンスデータで243,764個のSNPサイトと43,205マイクロサテライトシーケンスが特定されました。私たちの結果は、ザリガニにとって重要なゲノムリソースを提供すると考えています。

The red swamp crayfish Procambarus clarkii is a highly adaptable, tolerant, and fecund freshwater crayfish that inhabits a wide range of aquatic environments. It is an important crustacean model organism that is used in many research fields, including animal behavior, environmental stress and toxicity, and studies of viral infection. Despite its widespread use, knowledge of the crayfish genome is very limited and insufficient for meaningful research. This is the use of next-generation sequencing techniques to analyze the crayfish transcriptome. A total of 324.97 million raw reads of 100 base pairs were generated, and a total of 88,463 transcripts were assembled de novo using Trinity software, producing 55,278 non-redundant transcripts. Comparison of digital gene expression between four different tissues revealed differentially expressed genes, in which more overexpressed genes were found in the hepatopancreas than in other tissues, and more underexpressed genes were found in the testis and the ovary than in other tissues. Gene ontology (GO) and KEGG enrichment analysis of differentially expressed genes revealed that metabolite- and immune-related pathway genes were enriched in the hepatopancreas, and DNA replication-related pathway genes were enriched in the ovary and the testis, which is consistent with the important role of the hepatopancreas in metabolism, immunity, and the stress response, and with that of the ovary and the testis in reproduction. It was also found that 14 vitellogenin transcripts were highly expressed specifically in the hepatopancreas, and 6 transcripts were highly expressed specifically in the ovary, but no vitellogenin transcripts were highly expressed in both the hepatopancreas and the ovary. These results provide new insight into the role of vitellogenin in crustaceans. In addition, 243,764 SNP sites and 43,205 microsatellite sequences were identified in the sequencing data. We believe that our results provide an important genome resource for the crayfish.