C型肝炎ウイルス非構造タンパク質3 Q80K多型のグローバルな起源と伝播

C型肝炎ウイルス（HCV）は、ウイルスプロテアーゼをコードする非構造タンパク質3（NS3）遺伝子に、天然に存在する多型Q80Kを持っています。Q80Kは主にHCV遺伝子型1aで観察され、他のHCV遺伝子型ではめったに観察されません。さらに、米国では著しく高い有病率があります。ここでは、この多型の進化の歴史を再構築して、なぜそれが有病率に非常に高い局所化されているのか、宿主間で安定して伝染するかどうかを調査します。Q80Kを搭載したHCV感染の大部分（96％）は、1940年代に米国でQ80Kの置換が発生した単一の系統から派生していることがわかりました。さらに、Q80Kと相互作用し、その安定性に貢献する可能性のあるNS3の2つの他の置換を特定しました。我々の結果は、Q80Kの現在の分布と有病率が短期的に大幅に変化する可能性は低いことを意味します。

Hepatitis C virus (HCV) has a naturally occurring polymorphism, Q80K, in the nonstructural protein 3 (NS3) gene encoding the viral protease, which has been associated with reduced susceptibility to the direct-acting antiviral inhibitor simeprevir. Q80K is observed predominantly in HCV genotype 1a and seldom in other HCV genotypes; moreover, it has a markedly high prevalence in the United States. Here, we reconstruct the evolutionary history of this polymorphism to investigate why it is so highly localized in prevalence and whether it is stably transmitted between hosts. We found that the majority (96%) of HCV infections carrying Q80K were descended from a single lineage in which a Q80K substitution occurred around the 1940s in the United States, which implies that this polymorphism is likely highly transmissible. Furthermore, we identified 2 other substitutions in NS3 that may interact with Q80K and contribute to its stability. Our results imply that the current distribution and prevalence of Q80K are unlikely to change significantly in the short term.