silico薬物誘発性毒性予測で前進するためのETOXデータ共有プロジェクト

多くの厳格なガイドラインに従って、医薬品開発中に製薬業界によって生成された高品質のin vivo前臨床安全データは、ほとんどパブリックドメインでは利用できません。これらの安全データは、市場に到達するいくつかの化合物の凝縮された要約として公開されることがありますが、研究の大部分は公開されず、自動化された方法で、時には所有会社自体内でもアクセスするのが難しいことがよくあります。多くの学術的および産業的な例から、有用なデータマイニングとモデル開発には、大規模で代表的なデータセットと収集されたデータの慎重なキュレーションが必要であることが明らかです。2010年、革新的な医薬品イニシアチブの後援の下で、ETOXプロジェクトは、13の参加医薬品企業の毒物学部の紙またはPDFアーカイブから前臨床研究データを抽出および共有する目的から始まり、そのようなデータを使用して詳細でよく確立するためにそのようなデータを使用することから始まりました。-Curatedデータベース。これは、read-acrossアプローチのソースとして機能する可能性があります（同様の構造および/または効果の比較による薬物候補の潜在的な毒性の早期評価）および予測モデルのトレーニング。この論文では、効果的なデータ共有知的財産（IP）保護を許可し、適切な制御された語彙のセットアップを許可し、データベースを確立するために行われた取り組みについて説明しています（現在、1400を超える化合物に対応する製薬会社が貢献している4000を超える研究があります）。さらに、予測モデルの構築のステータスとETOX予測システム（ETOXSYS）のいくつかの特定の機能は、初期段階での医薬品開発プロセスのための意思決定支援知識ベースのツールとして提示されます。

The high-quality in vivo preclinical safety data produced by the pharmaceutical industry during drug development, which follows numerous strict guidelines, are mostly not available in the public domain. These safety data are sometimes published as a condensed summary for the few compounds that reach the market, but the majority of studies are never made public and are often difficult to access in an automated way, even sometimes within the owning company itself. It is evident from many academic and industrial examples, that useful data mining and model development requires large and representative data sets and careful curation of the collected data. In 2010, under the auspices of the Innovative Medicines Initiative, the eTOX project started with the objective of extracting and sharing preclinical study data from paper or pdf archives of toxicology departments of the 13 participating pharmaceutical companies and using such data for establishing a detailed, well-curated database, which could then serve as source for read-across approaches (early assessment of the potential toxicity of a drug candidate by comparison of similar structure and/or effects) and training of predictive models. The paper describes the efforts undertaken to allow effective data sharing intellectual property (IP) protection and set up of adequate controlled vocabularies) and to establish the database (currently with over 4000 studies contributed by the pharma companies corresponding to more than 1400 compounds). In addition, the status of predictive models building and some specific features of the eTOX predictive system (eTOXsys) are presented as decision support knowledge-based tools for drug development process at an early stage.