クロマチン修飾子とヒストン修飾の間の相互作用の推論：ChIP-seqデータからクロマチンシグナル伝達まで

クロマチン修飾子とヒストン修飾は、転写とその調節に関与するクロマチンシグナルネットワークの成分です。クロマチン修飾子とヒストン修飾の間の相互作用はしばしば不明であり、少数の遺伝子の分析に基づいているか、in vitroで研究されています。ここでは、計算方法を適用して、クロマチン修飾子とゲノム全体のChIP-seqデータからヒストン修飾との相互作用を回復します。これらの相互作用は、クロマチンシグナル伝達ネットワークの自信の高いバックボーンを提供します。回復した多くの相互作用には、文献サポートがあります。他の人は、まだ未知の相互作用に関する仮説を提供します。これらの予測された相互作用のうち2つを実験的に検証し、H4K20ME1とPolycomb抑制複合体1および2のメンバーとの間のリンクにつながりました。我々の結果は、計算上導出された相互作用がクロマチンの接続性を確立するために必要な新しい生物学的洞察につながる可能性が高いことを示唆しています。- 転写とその規制に関与するネットワークのシグナル。

Chromatin modifiers and histone modifications are components of a chromatin-signaling network involved in transcription and its regulation. The interactions between chromatin modifiers and histone modifications are often unknown, are based on the analysis of few genes or are studied in vitro. Here, we apply computational methods to recover interactions between chromatin modifiers and histone modifications from genome-wide ChIP-Seq data. These interactions provide a high-confidence backbone of the chromatin-signaling network. Many recovered interactions have literature support; others provide hypotheses about yet unknown interactions. We experimentally verified two of these predicted interactions, leading to a link between H4K20me1 and members of the Polycomb Repressive Complexes 1 and 2. Our results suggest that our computationally derived interactions are likely to lead to novel biological insights required to establish the connectivity of the chromatin-signaling network involved in transcription and its regulation.