Nucleusj：間期核の3D画像を定量化するためのImageJプラグイン

非標識：Nucleusjは、3Dの核形態とクロマチン組織の特性評価に特化したシンプルでユーザーフレンドリーなImageJプラグインです。画像スタックから始めて、核境界は、otsuセグメンテーション法と核球体の最適化を組み合わせることにより区切られています。クロマチンドメインは、3D流域アルゴリズムを使用して核を分割することにより、結果として得られる領域で造影段階をしきい値にすることにより分割されます。出力として、Nucleusjは、核内の形状とサイズ、核内オブジェクト、および核内の位置を含む15のパラメーターを定量化します。さまざまな核組織を持つ核のデータセットとともに、自己訓練には段階的なドキュメントが利用できます。 可用性と実装：Nucleiのデータセットは、https：//www.gredclermont.fr/media/workdirectory.zipで入手できます。Nucleusjは、http：//imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin：Stacks：nuculed_analysis_plugin：startで入手できます。 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

UNLABELLED: NucleusJ is a simple and user-friendly ImageJ plugin dedicated to the characterization of nuclear morphology and chromatin organization in 3D. Starting from image stacks, the nuclear boundary is delimited by combining the Otsu segmentation method with optimization of nuclear sphericity. Chromatin domains are segmented by partitioning the nucleus using a 3D watershed algorithm and by thresholding a contrast measure over the resulting regions. As output, NucleusJ quantifies 15 parameters including shape and size of nuclei as well as intra-nuclear objects and their position within the nucleus. A step-by-step documentation is available for self-training, together with data sets of nuclei with different nuclear organization. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Dataset of nuclei is available at https://www.gred-clermont.fr/media/WorkDirectory.zip. NucleusJ is available at http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:nuclear_analysis_plugin:start. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.