Ligdig：リガンド間相互作用を照会するためのWebサーバー

labeled：ligdigは、以前に多様なデータソースにいくつかの独立したクエリを必要としていた質問に答えるように設計されたWebサーバーです。また、タンパク質 - リガンド複合体の構造の基本的な操作と分析を実行します。Ligdig WebServerは設計がモジュラーで、7つのツールで構成されており、個別に使用できます。または、より複雑な質問に答えるために、あるツールからあるツールから次のツールにリンクすることで使用できます。現在、ツールでは、ユーザーが以下を可能にします。（i）フリーテキスト化合物検索、（ii）タンパク質の適切なリガンド、特に阻害剤を検索し、相互作用ネットワークを照会することができます。（iii）リガンドの可能性のある機能を検索します。（vii）さらなる計算のために、タンパク質リガンド複合体の座標ファイルを準備します。 可用性と実装：Ligdigは、Chembl、Pubchem、Sabio-RKなどの自由に利用可能なデータベース、およびCytoscape.js、PDB2PQR、Probis、FCONVなどのソフトウェアプログラムを使用しています。Ligdigは、バイオインフォマティクスの非専門家で使用できます。ligdigはhttp://mcm.h-its.org/ligdigで入手できます。 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

UNLABELLED: LigDig is a web server designed to answer questions that previously required several independent queries to diverse data sources. It also performs basic manipulations and analyses of the structures of protein-ligand complexes. The LigDig webserver is modular in design and consists of seven tools, which can be used separately, or via linking the output from one tool to the next, in order to answer more complex questions. Currently, the tools allow a user to: (i) perform a free-text compound search, (ii) search for suitable ligands, particularly inhibitors, of a protein and query their interaction network, (iii) search for the likely function of a ligand, (iv) perform a batch search for compound identifiers, (v) find structures of protein-ligand complexes, (vi) compare three-dimensional structures of ligand binding sites and (vii) prepare coordinate files of protein-ligand complexes for further calculations. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: LigDig makes use of freely available databases, including ChEMBL, PubChem and SABIO-RK, and software programs, including cytoscape.js, PDB2PQR, ProBiS and Fconv. LigDig can be used by non-experts in bio- and chemoinformatics. LigDig is available at: http://mcm.h-its.org/ligdig. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.