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目的：インフルエンザAウイルス、ヒトコロナウイルス（HCOV）、およびヒトボカビロス（HBOV）は、呼吸ウイルスが新たになっています。この研究では、15コロナウイルスの同定のためのリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）アッセイのHBOVとHCOVとの共感染と重症度との感受性との関連性を調査しました。 方法論：15のヒトコロナウイルスの公開されたシーケンスを使用して、レプリカーゼオープンリーディングフレーム1BをターゲットとするコンセンサスPCRを設計しました。すべての既知のヒトボカウイルス株のNS1遺伝子を標的とする以前に公開されたPCRも利用されました。37.7歳の患者からの一連の217のサンプル（SD±30.4）]季節性インフルエンザAウイルス（Seasflua）を含むNWイングランドで特定された季節性インフルエンザAウイルス（Seasflua）は、RT-PCRを使用してHCOVおよびHBOVについてテストされました。共感染と疾患の結果との関連は、ロジスティック回帰を使用して評価されました。 結果：HCOV RT-PCRアッセイの検出の限界は、ヒトコロナウイルス向けに以前に公開されたSYBRグリーンアッセイに匹敵する2コピー/µLのヒトコロナウイルスRNAテンプレートでした。217インフルエンザA陽性サンプルで合計12個のHCOVと17個のHBOVが特定されました。Seasflua/HBOVの共感染の高い割合（61.5％; 8/13）は、単一のSayflu Aウイルス感染（OR 2.5 95％CI 0.67-9.34、P = 0.17）の44.3％（66/149）と比較して、一般的な病棟または集中治療室に入院した患者で特定されました。層別分析では、年齢が増加する（特に24〜45歳および65歳以上）のFLUA、HCOV、およびHBOVの間により高い関連性が向上する傾向がありました。 結論：HCOV RT-PCRプロトコルは、診断に適切な分析感度があるように見えました。インフルエンザAウイルスと共感染させるときに重度の病気を引き起こすHBOVの役割を確認するには、より大きな研究が必要です。
目的：インフルエンザAウイルス、ヒトコロナウイルス（HCOV）、およびヒトボカビロス（HBOV）は、呼吸ウイルスが新たになっています。この研究では、15コロナウイルスの同定のためのリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）アッセイのHBOVとHCOVとの共感染と重症度との感受性との関連性を調査しました。 方法論：15のヒトコロナウイルスの公開されたシーケンスを使用して、レプリカーゼオープンリーディングフレーム1BをターゲットとするコンセンサスPCRを設計しました。すべての既知のヒトボカウイルス株のNS1遺伝子を標的とする以前に公開されたPCRも利用されました。37.7歳の患者からの一連の217のサンプル（SD±30.4）]季節性インフルエンザAウイルス（Seasflua）を含むNWイングランドで特定された季節性インフルエンザAウイルス（Seasflua）は、RT-PCRを使用してHCOVおよびHBOVについてテストされました。共感染と疾患の結果との関連は、ロジスティック回帰を使用して評価されました。 結果：HCOV RT-PCRアッセイの検出の限界は、ヒトコロナウイルス向けに以前に公開されたSYBRグリーンアッセイに匹敵する2コピー/µLのヒトコロナウイルスRNAテンプレートでした。217インフルエンザA陽性サンプルで合計12個のHCOVと17個のHBOVが特定されました。Seasflua/HBOVの共感染の高い割合（61.5％; 8/13）は、単一のSayflu Aウイルス感染（OR 2.5 95％CI 0.67-9.34、P = 0.17）の44.3％（66/149）と比較して、一般的な病棟または集中治療室に入院した患者で特定されました。層別分析では、年齢が増加する（特に24〜45歳および65歳以上）のFLUA、HCOV、およびHBOVの間により高い関連性が向上する傾向がありました。 結論：HCOV RT-PCRプロトコルは、診断に適切な分析感度があるように見えました。インフルエンザAウイルスと共感染させるときに重度の病気を引き起こすHBOVの役割を確認するには、より大きな研究が必要です。
PURPOSE: Influenza A viruses, human coronaviruses (hCoV) and human bocavirus (hBoV) are emerging respiratory viruses. This study investigated the association between influenza A viruses co-infection with hBoV and hCoV and severity and the sensitivity of a real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for identification of 15 coronaviruses. METHODOLOGY: Published sequences for the 15 human coronaviruses were used to design a consensus PCR targeting the replicase open reading frame 1b. A previously published PCR targeting the NS1 Gene of all known human bocavirus strains was also utilized. A series of 217 samples from patients aged 37.7 (SD ± 30.4)] with seasonal influenza A viruses (SeasFluA) identified between 06/2011 and 06/2012 in NW England were tested for hCoV and hBoV using RT-PCR. Association between co-infection and disease outcome was assessed using logistic regression. RESULTS: The limit of detection of hCoV RT-PCR assay was 2 copies/µl of human coronavirus RNA template, a sensitivity comparable to a previously published SYBR green assay for human coronaviruses. A total of 12 hCoV and 17 hBoV were identified in the 217 influenza A positive samples. A higher proportion (61.5%; 8/13) of SeasFluA/hBoV co-infections were identified in patients that were admitted either to a general ward or the intensive care unit compared to 44.3% (66/149) of single SeasFlu A virus infections (OR 2.5 95% CI 0.67-9.34, p = 0.17). In a stratified analysis, there was a trend towards higher association between FluA, hCoV and hBoV with increasing age (especially in patients aged 24-45 years and >65 year old). CONCLUSION: Our hCoV RT-PCR protocol appeared to be of adequate analytical sensitivity for diagnosis. More and larger studies are needed to confirm the role of hCoV, hBoV in causing severe disease when they co-infect with influenza A viruses.
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