コーディング配列の分析に基づいて、3つの新しい鶏パルボウイルス株の遺伝的特性

チキンパルボウイルス（CHPV）は、ウイルス性腸炎の原因剤の1つです。最近、CHPVのABU-P1株のゲノムは完全に配列決定され、脊椎動物のパルボウイルスと比較して明確なゲノム組成があると判断されました。ただし、他のシーケンス情報がないため、CHPVのコーデ​​ィング領域の比較シーケンス分析は不可能でした。この研究では、13のプライマーセットを使用したポリメラーゼ連鎖反応により、3つのCHPVのすべてのゲノムコーディング領域のヌクレオチド配列を取得し、ヌクレオチド配列からアミノ酸配列を推定しました。3つのCHPVの非構造タンパク質1（NS1）遺伝子は、95.0〜95.5％ヌクレオチド配列同一性を示し、96.5〜98.1％アミノ酸配列同一性をABU-P1株からのNS1の遺伝子と、さらに高等ヌクレオチドおよびアミノのアミノ酸配列同一性をそれぞれ示しました。互いに酸の類似点。ウイルスタンパク質（VP）遺伝子は、3つのCHPV韓国株とABU-P1の間でより多様であり、88.1〜88.3％のヌクレオチド同一性と93.0％のアミノ酸同一性がありました。CHPV VP2タンパク質の推定第三紀構造の分析により、3つの韓国株とABU-P1の間にヌクレオチド類似性が80％未満のさまざまな領域が、抗原性、病原性、および組織に関与すると考えられているVP2タンパク質の大きなループで発生することが示されました。他のパルボウイルスのトロピズム。フルレングスコーディングシーケンスの分析に基づいて、特にVP2タンパク質の部分領域で、以前に報告されたよりもCHPV株の大きな変動を発見しました。

Chicken parvovirus (ChPV) is one of the causative agents of viral enteritis. Recently, the genome of the ABU-P1 strain of ChPV was fully sequenced and determined to have a distinct genomic composition compared with that of vertebrate parvoviruses. However, no comparative sequence analysis of coding regions of ChPVs was possible because of the lack of other sequence information. In this study, we obtained the nucleotide sequences of all genomic coding regions of three ChPVs by polymerase chain reaction using 13 primer sets, and deduced the amino acid sequences from the nucleotide sequences. The non-structural protein 1 (NS1) gene of the three ChPVs showed 95.0 to 95.5% nucleotide sequence identity and 96.5 to 98.1% amino acid sequence identity to those of NS1 from the ABU-P1 strain, respectively, and even higher nucleotide and amino acid similarities to one another. The viral proteins (VP) gene was more divergent between the three ChPV Korean strains and ABU-P1, with 88.1 to 88.3% nucleotide identity and 93.0% amino acid identity. Analysis of the putative tertiary structure of the ChPV VP2 protein showed that variable regions with less than 80% nucleotide similarity between the three Korean strains and ABU-P1 occurred in large loops of the VP2 protein believed to be involved in antigenicity, pathogenicity, and tissue tropism in other parvoviruses. Based on our analysis of full-length coding sequences, we discovered greater variation in ChPV strains than reported previously, especially in partial regions of the VP2 protein.