RNAヘリカーゼRhauによるG4四重鎖テロメラーゼRNA巻き戻しの生化学的特性評価

G4四重鎖は、多様な調節機能を示すDNAおよびRNAで一般的な安定した二次構造です。ここでは、精製RNAヘリカーゼRhauを使用して、ヒトテロメラーゼRNA（HTR）の5 '末端の近くで識別されたG4四重鎖を解き放つin vitro技術について説明します。HTR（HTR10-43）の四重鎖形成領域に対応する合成RNA、および予測される相補鎖（25p1）は、精製ヘリカーゼとATPを含む反応で組み合わされています。反応生成物と適切なコントロールは、ネイティブゲル電気泳動によって解決されます。ゲルは、総RNAと四重鎖特異的色素の組み合わせを使用して染色し、予想される四重鎖から二重変換を観察することができます。この単純な方法は、Rhauヘリカーゼまたは他のRNA/DNAリモデリング酵素を含むDNA/RNA分子を含む他の分子間または分子内四重鎖の構造変化を研究するために拡張できます。

G4 quadruplexes are stable secondary structures prevalent in DNA and RNA that exhibit diverse regulatory functions. Herein, we describe an in vitro technique using the purified RNA helicase RHAU to unwind a G4 quadruplex identified near the 5' end of the human telomerase RNA (hTR). A synthetic RNA corresponding to the quadruplex forming region of hTR (hTR10-43), as well as a predicted complementary strand (25P1), are combined in a reaction containing the purified helicase and ATP. Reaction products and appropriate controls are resolved by native gel electrophoresis. Gels can be stained using a combination of total RNA and quadruplex-specific dyes to observe the expected quadruplex to duplex conversion. This straightforward method can be extended to study structural changes in other inter- or intramolecular quadruplex containing DNA/RNA molecules with the RHAU helicase or other RNA/DNA remodeling enzymes.