RIMMAは、RNAシーケンスおよびマイクロアレイの研究のための微分発現分析をパワーします

Limmaは、遺伝子発現実験からデータを分析するための統合ソリューションを提供するR/Bioconductorソフトウェアパッケージです。複雑な実験設計を処理し、小さなサンプルサイズの問題を克服するための情報を借りる情報の豊富な機能が含まれています。過去10年間、Limmaは、マイクロアレイとハイスループットPCRデータの微分発現分析を通じて、遺伝子発見に人気のある選択肢でした。パッケージには、そのようなデータを読み、正規化し、探索するための特に強力な施設が含まれています。最近、Limmaの機能は2つの重要な方向に大幅に拡大されています。まず、パッケージは、RNAシーケンス（RNA-SEQ）データの微分発現と微分スプライシング分析の両方を実行できるようになりました。以前にマイクロアレイデータに制限されていたすべてのダウンストリーム分析ツールも、RNA-seqでも利用できるようになりました。これらの機能により、ユーザーは非常によく似たパイプラインでRNA-seqとマイクロアレイデータの両方を分析できます。第二に、このパッケージは、さまざまな方法で従来の遺伝子ワイズ発現分析を通過することができ、同時規制の遺伝子セットの観点から、または高次発現シグネチャの観点から発現プロファイルを分析できるようになりました。これにより、遺伝子発現の違いの生物学的解釈の可能性が強化されます。この記事では、Limmaパッケージの哲学とデザインをレビューし、以前に説明されていない最近の機能強化と機能に重点を置いて、新しい機能と歴史的特徴の両方を要約しています。

limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expression experiments. It contains rich features for handling complex experimental designs and for information borrowing to overcome the problem of small sample sizes. Over the past decade, limma has been a popular choice for gene discovery through differential expression analyses of microarray and high-throughput PCR data. The package contains particularly strong facilities for reading, normalizing and exploring such data. Recently, the capabilities of limma have been significantly expanded in two important directions. First, the package can now perform both differential expression and differential splicing analyses of RNA sequencing (RNA-seq) data. All the downstream analysis tools previously restricted to microarray data are now available for RNA-seq as well. These capabilities allow users to analyse both RNA-seq and microarray data with very similar pipelines. Second, the package is now able to go past the traditional gene-wise expression analyses in a variety of ways, analysing expression profiles in terms of co-regulated sets of genes or in terms of higher-order expression signatures. This provides enhanced possibilities for biological interpretation of gene expression differences. This article reviews the philosophy and design of the limma package, summarizing both new and historical features, with an emphasis on recent enhancements and features that have not been previously described.