Bifidobacterium longum 105-Aから、IS3ファミリーに属するアクティブな挿入シーケンスであるISBLO11の分離および転置特性

トランスポゾン変異誘発システムは、本質的なアクティブ挿入シーケンスがビフィドバクテリアではあまり特徴付けられていないため、ビフィドバクテリアでまだ開発中です。ここでは、SACBベースの逆セレクションシステムを使用して、Bifidobacterium longum 105-Aからアクティブな挿入シーケンスISBLO11を分離しました。ISBLO11は1432 bpの長さで、IS3ファミリーに属します。トランスポサゼとその末端に25 bpの逆繰り返し繰り返しをコードする単一のORFがあります。ISBLO11のフルレングスコピーは、特定のB. longumゲノムの間で特異的に保存されており、さまざまなサイトに存在します。大腸菌の結合システムを使用した人工ISBLO11トランスポゾンの転位分析により、ISBLO11は、最初はShigella sonneiから分離された別のIS3ファミリー要素であるIS629の報告された活性に匹敵する適切な転置活性を持っていることが明らかになりました。ISBLO11は、非保存3 bpまたは4 bpターゲットシーケンスの転位選択性が低いことも示しました。ISBLO11のこれらの特性は、ビフィドバクテリアにおける新しいトランスポゾン変異誘発システムの開発に適していると思われます。

Transposon mutagenesis systems are still under development in bifidobacteria, partly because intrinsic active insertion sequences are not well characterized in bifidobacteria. Here, we isolated an active insertion sequence, ISBlo11, from Bifidobacterium longum 105-A using a sacB-based counterselection system, which is generally used to screen for active insertion sequences from bacterial genomes. ISBlo11 is 1432 bp long and belongs to the IS3 family. It has a single ORF encoding a transposase and 25-bp inverted repeats at its termini. Full-length copies of ISBlo11 are specifically conserved among certain B. longum genomes and exist in different sites. Transposition analysis of an artificial ISBlo11 transposon using an Escherichia coli conjugation system revealed that ISBlo11 has adequate transposition activity, comparable to the reported activity of IS629, another IS3 family element initially isolated from Shigella sonnei. ISBlo11 also showed low transposition selectivity for non-conserved 3- or 4-bp target sequences. These characteristics of ISBlo11 seem suitable for the development of a new transposon mutagenesis system in bifidobacteria.