昆虫のRNAプロファイリングは、タマネギのスーツの28SリボソームRNA分子に「隠された休憩」がないことを明らかにし、タバシのアザミウマ

アブラムシを除いて、昆虫の28S rRNAは、18S rRNAバンドと共感染させるために変性条件下で切断する「隠された休憩」を抱くと考えられており、ネイティブアガロースゲルに劣化した外観を示します。劣化した外観は、ゲル電気泳動に依存している実験室におけるRNAの完全性の決定を混乱させます。RNAプロファイルのガイドラインを提供するために、5つの主要な昆虫の順序、すなわち双pt目、片葉、ティサノプテラ、膜y目、および鱗pid目からのRNAを、変性および非変性条件下で比較しました。この研究では、昆虫のRNAのほとんどに存在しますが、タマネギのアザミウマの28S RRNAに「隠された休憩」が存在しないことが確認されました。一方、「隠された休憩」の存在は、アブラムシと同じ順序で進化的なグループ化にもかかわらず、ホワイトフラーズの28S rRNAに描かれていました。28S rRNA配列の発散は、昆虫種間のギャップ領域のサイズと組成の両方の変動を確認します。ただし、系統発生の再構築は、昆虫の28S rRNAの隠れた休憩の可能性のある原因としての種分化をサポートしていません。結論として、特定の昆虫秩序からのRNAは特定のバンディングプロファイルに適合せず、したがって、このアプローチを新たに発見された種の特性評価に確実に使用できないことを示しています。

With an exception of aphids, insects' 28S rRNA is thought to harbor a "hidden break" which cleaves under denaturing conditions to comigrate with 18S rRNA band to exhibit a degraded appearance on native agarose gels. The degraded appearance confounds determination of RNA integrity in laboratories that rely on gel electrophoresis. To provide guidelines for RNA profiles, RNA from five major insect orders, namely, Diptera, Hemiptera, Thysanoptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, was compared under denaturing and nondenaturing conditions. This study confirmed that although present in most of insect's RNA, the "hidden break" is absent in the 28S rRNA of onion thrips, Thrips tabaci. On the other hand, presence of "hidden break" was depicted in whiteflies' 28S rRNA despite their evolutionary grouping under same order with aphids. Divergence of 28S rRNA sequences confirms variation of both size and composition of gap region among insect species. However, phylogeny reconstruction does not support speciation as a possible source of the hidden break in insect's 28S rRNA. In conclusion, we show that RNA from a given insect order does not conform to a particular banding profile and therefore this approach cannot be reliably used to characterize newly discovered species.